중학교 시절의 트라우마로 '평범하게'를 모토로 살아온 소년 이노우에 코노하. 하지만 세이죠 고교의 정원에서 자칭 '문학소녀' 아마노 토오코를 만난 순간부터 코노하는 평범한 일상과 작별을 고하게 된다. 문학과 이야기를 너무나도 사랑한 나머지 이야기를 먹고 그 맛을 음미할 수 있는 특별한 능력을 지니고 있는 소녀 아마노 토오코는 자신의 비밀을 알아버린 코노하를 문예부에 가입시키고 매일매일 짧은 이야기를 쓰게 함으로써 일명 '간식 담당'으로 만들어 버린다. 조용한 문예부 교실에서 원고지를 채워나가는 코노하와 글을 음미하는 토오코. 다른 사람과 깊이 접촉하는 것을 두려워 했던 코노하는 제멋대로인 토오코에게 휘둘리는 사이 조금씩 마음의 안정을 되찾아가지만, 어느날 토오코가 설치한 '연애 상담 우체통' 속에 들어 있던 한 장의 그림으로 인해 평화로웠던 일상은 다시 한 번 붕괴된다. 코노하를 사로잡고 있는 과거란 과연 어떤 것인지...!?
네르프에 있는 마기가 미국, 프랑스 등지의 마기 5대의 파상공격으로 인해 해킹을 당하고 있었다. 그러나 슈퍼인공지능 컴퓨터도 그 파상공격을 당해내지는 못하는 상황. 결국 감금되어 있던 리츠코 박사를 다시 부르게 된다. 그는 처음에는 자신을 감금한 것에 대해 불만을 표시하지만, 결국 겐도우의 명령에 따르고 예전 사도에게 사용한 캐스퍼의 방법인 마지막 로직 코드를 변경하여 완전 몰아내기로 간신히 마기를 복구한다. 그리고 666프로텍트와 B다낭형 방벽을 세워 62시간은 막을 수 있게 조치하는데...
서기 2000년. 남극에 거대한 운석이 추락하여 엄청난 재난 세컨드 임팩트가 발생한다. 원래는 아담과 제 2사도의 접촉으로 일어난 일이지만, 이 사실을 숨기기 위해 비밀집단 제레의 정보 조작으로 운석의 추락으로 처리된다. 해수면의 상승과 천재지변, 경제의 붕괴, 민족분쟁, 내란 등이 연속해서 발생하고 결국 세계의 인구 중 절반만이 살아남는다. 그 사이 생체병기를 만들기 위한 E계획이 한창 진행중이었다. E계획의 주축은 세컨드 임팩트 이후 살아남았던 이카리 겐도, 이카리 유이와 아카기 나오코, 그 후 겐도의 권유로 새로 영입된 겐도와 유이의 학창 시절의 대학교수 후유츠키 코조였다.
