초등학생 코난이 아닌, 본래의 모습으로 교토 수학여행에 참가하게 된 고등학생 탐정 쿠도 신이치. 평범한 고등학생처럼 모리 란과 행복한 시간을 보내는 것도 잠시, 우연히 만난 배우 구라치 케이코의 부탁으로 의문의 암호 해독을 부탁받는다. 하지만 곧이어 그녀의 영화 제작 동료들을 둘러싼 연쇄 살인 사건이 일어난다. 범죄의 현장에는 요괴의 행적처럼 꾸며진 피 묻은 발자국과 팔손이 나뭇잎, 그리고 새로운 암호가 남겨져 있었는데… 천년 역사의 도시 교토, 요괴의 소행 같은 기묘한 연쇄 살인 사건의 진실은?! 그리고 쿠도 신이치♥모리 란, 두 사람의 마음은 맞닿을 수 있을까?
초등학생 코난이 아닌, 본래의 모습으로 교토 수학여행에 참가하게 된 고등학생 탐정 쿠도 신이치. 평범한 고등학생처럼 모리 란과 행복한 시간을 보내는 것도 잠시, 우연히 만난 배우 구라치 케이코의 부탁으로 의문의 암호 해독을 부탁받는다. 하지만 곧이어 그녀의 영화 제작 동료들을 둘러싼 연쇄 살인 사건이 일어난다. 범죄의 현장에는 요괴의 행적처럼 꾸며진 피 묻은 발자국과 팔손이 나뭇잎, 그리고 새로운 암호가 남겨져 있었는데… 천년 역사의 도시 교토, 요괴의 소행 같은 기묘한 연쇄 살인 사건의 진실은?! 그리고 쿠도 신이치♥모리 란, 두 사람의 마음은 맞닿을 수 있을까?
갑작스러운 폭발로 대혼란에 빠지고 만 오사카의 한 TV 방송국.마치 테러와도 같은 사건. 하지만 범인의 정체는 물론 범행 목적조차 파악되지 않는 상황이 계속되고, 혼란 속에서 코난과 친구들은 헤이지의 약혼자임을 주장하며 당돌하게 대시하는 카루타(일본의 전통 카드 게임) 대회 고교 챔피언 오오카 모미지를 만나 더욱 당황한다.한편, 방송국 폭발과 동시에 교토에서는 카루타 대회 2년 연속 우승자가 살해당하는 사건이 발생하고, 현장의 TV에서는 다름 아닌 모미지의 경기 모습과 함께 한편의 시가 고요히 울려 퍼지고 있었는데......
도쿄를 중심으로 6건의 살인사건이 발생했다. 피해자들 옆에는 알파벳이 새겨진 6개의 마작패만이 남겨져 있다. 그리고 마지막 희생자가 남긴 한마디 “칠석, 교!” 사건의 진실을 밝히고 범인을 잡기 위한 특별 수사회의가 열리고 유명한 탐정과 코난은 수사회의에 참석하여 사건의 전모를 듣게 된다. 그러나 성별도, 직업도, 사는 곳도 다른 이들 6명의 피해자에게는 그 어떤 공통점도 없다! 사건은 해결의 실마리를 찾지 못하고 점점 미궁 속으로 빠져든다.
오사카와 도쿄, 그리고 교토에서 유명한 문화재 도굴단인 '겐지보타루'의 일원들이 연이어 살해되는 사건이 일어난다. 교토를 방문하고 있던 코난 일행은 그 곳에서 겐지보타루의 소행으로 추측되는 불상 도난 사건을 전해듣고 살인 사건과 연관지어 수사를 시작한다.수사를 위해 고조 다리를 찾은 코난은 그 곳에서 고교생 탐정 헤이지를 만나고, 그와 함께 사건을 조사하기로 하는데...
일본에서 가장 높은 빌딩이라는 쌍둥이 빌딩에 들른 코난 일행은 그곳에서 빌딩 건설을 둘러싼 비밀이 있다는 것을 알게 된다. 첫번째 살인 사건이 일어나는 동안 정체불명의 포르쉐가 빌딩 근처에 나타나고, 코난은 그 차가 검은 조직의 것이라고 확신한다. 한편 의식을 잃은 쉐리는 매일밤 누군가와 연락을 취하는데...
