의대생이자 유명한 모델인 ‘신도 아이’는 의문의 괴한들로부터 목숨의 위협을 받던 중, 업계 최고의 해결사인 시티헌터 ‘사에바 료’에게 경호를 의뢰한다. 사에바 료는 파트너 ‘마키무라 카오리’와 함께 그녀를 보호하지만, 악당들은 포기하지 않고 더욱 거세게 그녀와 시티헌터 일당을 위협한다. 적들이 상상 이상으로 위험한 집단이라는 것을 알게 된 사에바 료는 그들의 야욕을 막기 위해 위험천만한 전투에 뛰어드는데…!
어느 더운 여름날, 보쿠도 경찰서 관내의 공장 지내에서 불발탄 처리 작업이 진행되고 있었다. 불발탄 작업은 순조롭게 이루어지고 서서히 통제되었던 교통은 풀린다. 그런 와중에 신고로 가본 자동차안에는 대량의 총기가 발견된다. 대량의 총기 발견에 대해서 회의가 열리게 되고 츠지모토와 코바야카와는 다시 모여 순찰을 시작하게 된다. 총기가 담긴 차량에 대한 신고가 불분명한 가운데 난조로 빠지고 갑자기 교통제어시스템이 해킹당해 마비되는 사태가 발생한다.
