여름방학 어느 날, 진구가 주운 작은 로켓 안에서 손바닥만 한 우주인 ‘파피’가 나타난다! 우주의 머나먼 곳에 있는 작은 별 ‘피리카’의 대통령인 그는 반란군에게서 도망쳐 지구에 왔다고 한다. 처음에는 너무 작은 ‘파피’의 사이즈에 당황하던 도라에몽과 진구는 비밀도구 ‘스몰 라이트’로 작아져서 함께 놀며 친구가 된다. 그러나 고래 형태의 우주전함이 ‘파피’를 붙잡기 위해 지구에 나타나 이들을 공격하고, 모두를 끌어들인 것에 책임감을 느낀 ‘파피’는 홀로 반란군에 맞서고자 하는데… 소중한 친구 ‘파피’와 그의 별을 지키기 위한 도라에몽과 친구들의 우주 모험이 시작된다!
에인즈워스와의 격투로부터 잠깐의 휴식. 미유를 구출한 이리야일행은 평행세계의 에미야 시로로부터 미유의 과거, 이 세계에서 일어난 성배전쟁을 알게 된다. 그것은 미유의 슬픈 운명이며, 미유를 위하여 오빠의 사랑이 목숨을 걸고 걸었던 장렬한 싸움의 이야기였다. 인류의 구제를 위해 미유를 희생하는 에인즈워스. 미유를 위해 세계의 적이 되기로 결정한 시로. 용납할 수 없는 두 정의에 모든 것을 지키겠다고 다짐하는 이리야. "도와줄게. 나는 모두가 살아날 수 있는 길을 찾기로 결심했으니까!" 소중한 사람들과 함께 웃을 수 있는 내일을 만들기 위해서. 마법소녀들의 싸움이 다시 시작된다...!
