에인즈워스와의 격투로부터 잠깐의 휴식. 미유를 구출한 이리야일행은 평행세계의 에미야 시로로부터 미유의 과거, 이 세계에서 일어난 성배전쟁을 알게 된다. 그것은 미유의 슬픈 운명이며, 미유를 위하여 오빠의 사랑이 목숨을 걸고 걸었던 장렬한 싸움의 이야기였다. 인류의 구제를 위해 미유를 희생하는 에인즈워스. 미유를 위해 세계의 적이 되기로 결정한 시로. 용납할 수 없는 두 정의에 모든 것을 지키겠다고 다짐하는 이리야. "도와줄게. 나는 모두가 살아날 수 있는 길을 찾기로 결심했으니까!" 소중한 사람들과 함께 웃을 수 있는 내일을 만들기 위해서. 마법소녀들의 싸움이 다시 시작된다...!
를르슈의 죽음 그 이후, 스자쿠가 ‘제로’로서 살아가는 세계는 재편성된 초합중국을 중심으로 안정되어 평화로운 나날의 연속인 듯하다. 그러던 어느 날, 나나리와 함께 난민 캠프 위문을 간 스자쿠는 의문의 나이트메어 프레임에 급습당하고 두 사람은 납치되기에 이른다. 갑작스레 깨져버린 평화에 슈나이젤은 카렌, 로이드, 사요코에게 전사의 나라 지르크스탄 왕국으로 잠입 명령을 내린다. 그곳에서 세 사람은 C.C.와 재회하지만 이내 정체 모를 기아스 사용자에게 공격받는데…
아사히가오카 분교의 전교생은 단 5명. 학년도 성격도 모두 다르지만, 항상 같은 교실에서 사계절을 함께하며 여유로운 시골 라이프를 즐기고 있다. 어느 날 백화점 이벤트에서 특상에 당첨되어 오키나와 여행권을 받게 된 아사히가오카 분교생들. 여름방학이 끝나기 전, 다 같이 모여 부푼 마음을 안고 오키나와로 떠나는데...
포켓몬 사상 최초 [불꽃], [물] 쌍방 타입을 가진 환상의 포켓몬 볼케니온의 등장! 인간을 싫어하는 포켓몬 볼케니온은 우연히 여행하는 지우와 친구들과 만나게 되고 갑자기 나타난 이상한 고리로 지우와 묶여 떨어질 수 없는 사이가 되어버린다! 결국 볼케니온 그리고 지우와 친구들은 함께 모든 것이 기계로 이루어진 기계장치의 왕국인 아조트왕국으로 향하게 된다. 한편, 아조트왕국의 대신 자비스는 500년 전 왕국에서 태어난 환상의 포켓몬 마기아나를 납치하고 마기아나가 가진 ‘소울하트’라는 미지의 힘으로 왕국을 지배하려고 하는데... 지우와 친구들은 볼케니온과 힘을 합쳐 소울하트를 지켜낼 수 있을까? 지금, 포켓몬 역사상 가장 뜨거운 배틀이 시작된다!
지우와 피카츄 일행은 '무엇이든지 소환할 수 있는 링'을 가진 환상의 포켓몬 후파를 만난다. 그때, 데세르시티에서는 엄청난 포켓몬을 봉인한 '굴레의 항아리'에 사악한 기운이 흐르고...! '굴레의 항아리'를 열고 분노의 힘으로 되살아난 '검은 그림자'! 그 그림자의 정체는 바로 '후파'의 본래 모습, 초후파였다! 초후파는 힘을 되찾기 위해 포켓몬계의 최강 파워를 자랑하는 전설의 포켓몬들을 소환하기 시작하고! 지우와 후파 일행은 위기에 빠진 마을을 지키키 위해 이를 대적할 가공할만한 파워의 다른 전설의 포켓몬을 소환해내는데...!
보석포켓몬 '멜리시'들이 평화롭게 살아가던 '다이아몬드 광산국'에 엄청난 위기가 찾아왔다! 바로 나라를 유지하는 힘인 '신성한 다이아'가그 운명을 다 하려 하고 있는 것! 신성한 다이아를 만슬 수 있는 것은 오직 이 나라의 공주 '디안시'뿐! 디안시는 그 힘을 얻기 위해 생명의 포켓몬 '제르네아스'를 찾아 먼 길을 떠나는데...! 그런데, 그 앞에 나타난 것은 ... 파괴의 포켓몬 '이벨타르?!' 이제 지우와 친구들, 그리고 디안시가 멸망해가는 왕국을 구하기 위한 대모험에 나선다!!
광기의 매드 사이언티스트를 자칭하는 오카베 린타로와 그의 라보멤 동료들은 우연히 과거로 보낼 수 있는 메일 “D메일”을 발명하게 된다, 그러나 과거를 몇 번이고 바꿔도 동료의 죽음을 막지 못하는 어두운 미래만이 있고 오카베 린타로는 절망하게 된다. 그런 그가 찾아낸 한줄기 빛은 누구도 죽지 않는 미래 즉 슈타인즈 게이트라고 불리는 세계선. 시간축을 뛰어넘어 얽혀있는 문제를 풀어내 드디어 슈타인즈 게이트에 도달하게 되지만 몇 개의 세계선을 넘어다닌 오카베의 뇌에 거대한 부하가 걸리기 시작하고 만다.
지구연방 신정부의 유화정책에 의해 점차 평화를 되찾아가는 세계. 거기에 CB의 모습은 보이지 않았다. 목성에서 돌연 나타나 지구를 향하는 지구 외 변이성 금속체 ELS의 대군, 그리고 아직 외계 종족과의 대화의 준비를 갖추지 못한 인류. 대화에 앞서 생존을 위해, 그리고 어쩌면 가능할지도 모르는 대화를 위해 CB와 건담 마이스터들은 다시금 싸움터로 향한다.
