제2차 네오디온 전쟁(샤아의 반란) 이후 12년. U.C.0105 —— . 지구연방정부의 부패는 지구오염을 가속화시켜 강제로 민간인을 우주로 끌고 가는 비인도적 정책인 「사람 사냥」도 행해지고 있다. 그런 연방정부 고관을 암살하겠다는 가혹한 행위로 저항을 시작한 것이, 반지구연방정부운동 「마프티」. 리더의 이름은 마프티 나비유 에린. 그 정체는 일년전쟁을 싸운 연방군 대좌 브라이트 노아의 아들 「하사웨이」였다. 아무로 레이와 샤아 아즈나블의 이념과 이상, 의지를 담은 전사로서 길을 개척하려는 하사웨이지만 연방군 대좌 케네스 슬렉과 수수께끼의 미소녀 기기 안달루시아와의 만남이 그 운명을 크게 바꿔간다.
영화 프로듀서 "폼포 씨" 밑에서 제작 어시스턴트를 하고 있는 "진". 영화에 마음을 빼앗긴 그는 본 영화를 모두 기억하는 영화광이다. 영화 찍는 것을 동경했지만, 자신에겐 무리라고 생각하며 비굴해지는 매일을 보낸다. 하지만 "폼포 씨"에게 15초짜리 광고 제작을 맡으면서 영화 만드는 재미에 빠져들게 되었다. 그러던 어느 날, "진"은 "폼포 씨"로부터 다음 제작할 영화 「MEISTER」의 각본을 넘겨받는다.
고등학교 1학년 여름. 외딴 섬에서 가출해, 도쿄에 온 호타카. 그러나 생활은 곧 곤란해졌고, 고독한 나날의 끝에 겨우 찾아낸 일은, 수상한 오컬트 잡지의 작가 일이었다. 그의 앞날을 시사하는 듯, 연일 쏟아지는 비. 그런 가운데, 잡담으로 북적거리는 도시 한 편에서, 호타카는 한 소녀를 만난다. 어떤 사연을 안고, 남동생과 둘이서 밝고 씩씩하게 사는 소녀, 하루나. 그녀에게는, 이상한 능력이 있었다. "저기, 지금부터 맑아질 거야." 조금씩 비가 그치고, 아름답게 빛나는 거리. 그것은 기도하는 것만으로, 하늘을 맑게 하는 힘이었다.
갑작스러운 폭발로 대혼란에 빠지고 만 오사카의 한 TV 방송국.마치 테러와도 같은 사건. 하지만 범인의 정체는 물론 범행 목적조차 파악되지 않는 상황이 계속되고, 혼란 속에서 코난과 친구들은 헤이지의 약혼자임을 주장하며 당돌하게 대시하는 카루타(일본의 전통 카드 게임) 대회 고교 챔피언 오오카 모미지를 만나 더욱 당황한다.한편, 방송국 폭발과 동시에 교토에서는 카루타 대회 2년 연속 우승자가 살해당하는 사건이 발생하고, 현장의 TV에서는 다름 아닌 모미지의 경기 모습과 함께 한편의 시가 고요히 울려 퍼지고 있었는데......
2022년. 천재 프로그래머 카야바 아키히코가 개발한 세계 최초의 풀 다이브 전용 디바이스 ‘너브기어’ --- 그 혁신적인 머신은 VR(가상현실) 세계에 무한한 가능성을 가져왔다. 그로부터 4년 후……. ‘너브기어’의 후계 VR머신 ‘어뮤스피어’에 대항하는 것처럼 하나의 차세대 웨어러블 멀티 디바이스가 발매되었다. ‘어그마’. 풀 다이브 기능을 배제하는 대신, AR(증강현실) 기능을 최대한으로 확대한 최첨단 머신. ‘어그마’는 깨어있는 상태에서 사용할 수 있는 안전성과 편리성을 바탕으로 순식간에 유저들에게 확산되었다. 그 폭발적인 확산을 견인한 것은 ‘오디널 스케일(OS)’로 불리는 ‘어그마’ 전용 ARMMO RPG였다. 아스나와 동료들도 플레이하는 그 게임에 키리토도 참전하려 하는데…
