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1998년 8월, 레이엔 여학원의 학생인 세오 시즈네는 미래를 볼 수 있는 미래시를 가지고 있다. 이런 그녀는 8월, 여름방학을 맞아 친가로 돌아가게 되었다. 돌아가던 와중 자신과 같은 버스에서 내린 남자가 죽는 미래를 보고 만다. 망설이던 세오는 남자를 불러세워 죽음의 원인이 되는 가방을 그에게서 떨어트리기 위해 노력하지만, 무시당하기만 한다. 최후의 수단으로 남자의 가방을 붙잡고 늘어지던 세오를 구해준 것은 그 순간 그 길을 지나가고 있던 고쿠토 미키야였다. 세오의 사정을 들은 미키야는 세오 대신 남자를 만나러 가는데......
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1999년 2월, 료우기 시키는 코쿠토 미키야로부터 자취를 감춰버렸다. 그리고, 시키가 사라지자 마자 짜맞춘 것 같은 타이밍으로 연속해서 일어나는 연속 엽기 살인 사건.
3년 전, 자신이 살인귀라고 칭한 시키. 계속 시키를 믿을 거라고 맹세한 미키야.
미키야는 시키의 무죄를 증명하기 위해 살인 사건의 조사를 시작한다.
그러던 도중 미키야는 어떤 마약 사건을 계기로 고등학교 선배인 시라즈미 리오(白純里緒)와 재회하는데.......
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1999년 1월. 고쿠토 미키야의 여동생이자, 마술사 견습생인 고쿠토 아자카는 어느 날 스승인 아오자키 토우코에게서 어떤 사건 조사를 의뢰받는다. 그것은 아자카의 모교인 레이엔 여학원에서 1학년 4반의 학생들의 기억이 요정들에게 빼앗긴다는 사건으로 아자카는 사건의 진상을 해명 및 요정을 다루는 마술사의 체포를 부탁받았다. 다만 아자카는 혼자는 요정을 볼 수 없기에 토우코는 비밀병기를 보내주는데, 그 비밀병기의 정체는 요정을 볼 수 있는 료우기 시키. 시키를 학원 학생으로 변장시키고 아자카는 사건의 조사를 시작하는데.....
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엔죠 토모에는 날마다 자신의 어머니에게 살해당하는 꿈을 꾸게 된다. 괴로움을 이기지 못한 엔죠 토모에는 결국어머니를 살해한다. 그 길로 집을 나와 거리를 배회하던 중 료기 시키를 만나게 되고 그녀의 집에서 신세를 지게 된다. 길을 걷던 엔죠 토모에는 우연히 자신의 어머니를 보게 되고 료기와 함께 그녀의 뒤를 쫓는다. 그녀가 도착한 곳은 다름 아닌 본인의 집. 믿기 힘들게도 그 집에는 엔죠 토모에의 부모님은 살아 있고 그들은 자식인 엔죠를 살해하고 스스로 목숨을 끊는 날을 반복한다.
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1998년 6월, 약 2년간의 혼수상태에서 료우기 시키는 기적적으로 회복한다. 그러나 기적적으로 뜬 눈 앞에 보이는 것은 수십개의 선들. 그것들이 무엇인지 이해한 시키는 발작적으로 자기 눈을 실명시키려고 한다. 이런 시키에게 한 명의 여성이 방문한다. 그 여성의 이름은 아오자키 토우코. 그녀는 "죽음의 선"이 보이게 된 눈을 올바르게 사용하는 방법을 가르쳐주며 시키의 다른 인격인 시키가 사라졌다는 사실을 지적한다. 그로인해 생의 실감을 잃어버린 시키는 텅 빈 껍데기 같이 매일을 보낸다. 하지만 그런 시키의 병실에 매일 밤 알 수 없는 무언가가 방문하는데......
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1998년 7월, 신체의 여러 곳이 뒤틀린 시체가 발견되는 도저히 인간의 짓이라고 할 수 없는 엽기 살인 사건이 일어난다. 이런 와중, 가람의 동에 하나의 의뢰가 들어온다. 의뢰는 사건의 범인의 보호 또는 살해.
범인의 이름은 아사가미 후지노.
살해 당한 피해자들에게 평소 능욕 당했던 소녀. 료우기 시키는 더 이상 피해자가 아닌 가해자가 되어서 살인을 하는 후지노의 폭주를 멈추기 위해서 행동을 개시한다.
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그것은, 아직 둘이 고등학생이던 시절의 이야기. 마을에서는 엽기 살인사건이 일어나고, 밤거리는 그 정체불명의 살인마 탓에 밝은 분위기가 전부 사라져있는 상태였다. 1995년 3월 어느 눈 내리던 날, 코쿠토 미키야는 기모노를 입은채 눈을 맞는 기묘한 소녀, 료우기 시키를 만나게 된다.
고등학교 입학식에서 다시 만난 그 둘은 친해지게 되고, 그러면 코쿠토는 료우기 시키 안에 있는 또 다른 시키에 대해 알게 된다.
긍정의 인격인 시키와 부정의 인격인 시키. 자신은 살인자라고 말하는 시키, 계속되어가는 연속 엽기 살인, 살인 현장에 서 있는 료우기 시키. 이 고찰의 결론은 3년 후로 이어진다.
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1998년 8월 여름의 끝자락. 도시에서 고등학생 남짓한 소녀들이 한 고층 빌딩에서 뛰어내리는 자살 사건이 계속 되고 있다. 벌써 사건의 수는 4명, 그러나 자살한 소녀들 간의 연관성은 전혀 없고, 모든 사건의 유일한 공통점은 모두 유서도 없이 뛰었으며, 소녀들이 뛰어내린 건물이 철거 예정인 후죠 빌딩이라는 것 뿐이다. 한편 이 사건에 대해 고쿠토 미키야는 의문을 가지고 후죠 빌딩에 접근하고는 깊은 혼수 상태에 빠지게 된다. 미키야의 혼수 상태는 계속 되고, 자살하는 소녀들도 계속 늘어난다. 여름이 끝나고 가을이 시작되는 9월로 향하게 될 무렵, 료우기 시키는 잃어버린 미키야를 되찾기 위해 밤의 후죠 빌딩으로 향한다.