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어린 시절, 소꿉친구인 오리모토 리카를 교통사고로 눈 앞에서 잃은 옷코츠 유타. 옷코츠는 원령으로 변한 리카의 저주에 괴로워한 나머지 자신도 죽기를 바라지만, 최강의 주술사인 고죠 사토루에 의해 주술고전에 들어가게 된다. 그리고 동급생인 젠인 마키, 이누마키 토게, 판다를 만나면서 굳은 결심을 한다. 한편 옷코츠와 친구들 앞에 과거에 일반인을 대량으로 학살해서 고전에서 추방된 최악의 주저사인 게토 스구루가 나타난다. 주술사만의 낙원을 만들려는 게토는 비술사를 섬멸하겠다면서 신주쿠와 교토에 천의 저주를 내리는데...
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그것은, 아직 둘이 고등학생이던 시절의 이야기. 마을에서는 엽기 살인사건이 일어나고, 밤거리는 그 정체불명의 살인마 탓에 밝은 분위기가 전부 사라져있는 상태였다. 1995년 3월 어느 눈 내리던 날, 코쿠토 미키야는 기모노를 입은채 눈을 맞는 기묘한 소녀, 료우기 시키를 만나게 된다.
고등학교 입학식에서 다시 만난 그 둘은 친해지게 되고, 그러면 코쿠토는 료우기 시키 안에 있는 또 다른 시키에 대해 알게 된다.
긍정의 인격인 시키와 부정의 인격인 시키. 자신은 살인자라고 말하는 시키, 계속되어가는 연속 엽기 살인, 살인 현장에 서 있는 료우기 시키. 이 고찰의 결론은 3년 후로 이어진다.