미지의 세계 아마존에서 관광객들에게 최고의 스릴을 선사하는 재치 넘치는 크루즈 선장 프랭크. 고대 아마존의 전설을 쫓아 영국에서 온 식물 탐험가 릴리 박사가 의학의 미래를 바꿀 치유의 나무를 찾는 여정에 함께 할 것을 제안하면서, 순탄치 않은 모험을 시작하게 된다. 달라도 너무 다른 두 사람은 아름답지만 온갖 위험이 도사리는 열대우림으로 함께 모험을 떠나고 수많은 역경과 초자연적인 힘을 마주하게 되는데...
콩과 보호자들은 정착할 수 있는 곳을 찾아 특별하고 강력한 유대감을 형성하고 있는 지아와 함께 여정을 떠나게 된다. 그러던 중 지구 파괴를 위한 회심의 날을 휘두르는 고질라와 마주하게 되고, 보이지 않는 힘에 의해 맞붙게 된 두 전설의 대결은 지구 깊은 곳에 도사린 수수께끼의 시작에 불과할 뿐이었는데…
