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전 세계 개성 보유자 섬멸을 목표로 하는 수수께끼 조직 휴머라이즈. 그들이 각국에 설치한 '이디오 트리거 밤'으로부터 사람들을 구하기 위해 세계 선발 히어로 팀이 결성된다! 세계 각국의 프로 히어로와 유에이 고교 히어로과 학생들이 소집되어 각 지역에서 폭탄 회수 임무를 맡게 되는데... 엔데버 사무소에서 인턴 중인 미도리야, 바쿠고, 토도로키는 오세온에서 작전 수행 중, 어떠한 사건에 휘말리게 되고 미도리야는 이를 계기로 만난 운반책 소년 로디와 함께 경찰, 빌런의 공격을 받으며 전국에 지명수배된다. 한편, 휴머라이즈의 지도자 플렉트 턴이 범행을 예고하며 세계는 패닉에 빠지고, 히어로 팀은 절체절명의 상황에 위험을 무릅쓰고 폭탄 회수에 나서는데... 제한시간은 단 2시간! 전 세계와 히어로들의 미래가 '그들' 손에 달렸다!
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1980년대. 난코 고등학교에서 전학한 것을 계기로 금발로 이미지 변신한 미즈하시 타카시는 같은 날에 전학을 온 가시 돋친 머리를 한 이토 신지오를 만난다. 주위의 불량배들에게 눈총을 받지만, 뜻밖의 일로 의기투합한 두 사람은 함께 손을 잡고 잇달아 막아서는 강적을 쓰러뜨린다. 어느 날, 예전에 크게 싸웠던 이케히사 고등학교에 극악무도한 호쿠네이 고등학교가 덤벼드는데...
