패션 디자이너의 꿈을 안고 런던 소호로 온 엘리(토마신 맥켄지)는 매일 밤 꿈에서 1960년대 소호의 매혹적인 가수 샌디(안야 테일러조이)를 만나게 되고, 그녀에게 매료된다. 엘리는 샌디에게 화려한 삶이 펼쳐질 것이라 생각했지만 꿈은 점점 악몽이 되어가고 샌디는 누군가에게 살해당하고 만다. 유일한 목격자가 된 엘리, 샌디를 죽인 범인은 엘리의 시간 속에 살고 있다.
자신의 모습을 감추고 오랜 시간 지구를 위협해 온 외계인을 감시하는 MIB 본부. MIB 본부에도 변화가 요구되면서 신입요원 에이전트 M이 영입되고 MIB 에이스 요원 에이전트 H가 듀오로 결성 된다. 그들에겐 MIB 내부의 스파이를 찾아야 하는 전대미문의 미션이 주어지는데…
