희귀혈액병을 앓고 있는 생화학자 모비우스는 동료인 마르틴과 함께 치료제 개발에 몰두한다. 흡혈 박쥐를 연구하던 중 마침내 치료제 개발에 성공한 모비우스는 새 생명과 강력한 힘을 얻게 되지만, 동시에 흡혈을 하지 않고는 생명을 유지할 수 없게 된다. 그러던 중 모비우스와 같은 병을 앓고 있던 그의 친구 마일로도 모비우스와 같은 힘을 얻게 되는데…
자신의 모습을 감추고 오랜 시간 지구를 위협해 온 외계인을 감시하는 MIB 본부. MIB 본부에도 변화가 요구되면서 신입요원 에이전트 M이 영입되고 MIB 에이스 요원 에이전트 H가 듀오로 결성 된다. 그들에겐 MIB 내부의 스파이를 찾아야 하는 전대미문의 미션이 주어지는데…
