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「낙제 직전」「공부가 싫은」미소녀 다섯 쌍둥이를 아르바이트 가정 교사로서 「졸업」까지 이끈 후타로. 배우에 전념하기 위해 휴학하기로 한 이치카의 공부를 봐주면서 「학교 축제」 준비에 힘쓰는 후타로와, 후회 없는 「학교 축제」를 만들기 위해 평소 이상으로 노력하는 요츠바. 어지러운 날들이 지나고 정신을 차려보니 「학교 축제」 전날. 후타로는 포기하지 않고 힘쓰는 이츠키의 모습에 힘입어, 니노의 각오와 미쿠의 결의, 그리고 이치카·요츠바·이츠키에 대한 마음의 답을 찾는다. 저마다의 생각을 안고 있는 와중, 드디어 시작된 고교 생활 최후의(마지막) 이벤트인 「학교 축제」 첫날. 『학교 축제 첫날 15시에 교실에 와줘』 교실에 모인 다섯 쌍둥이는, 후타로에게 어떠한 마음을 고백 받게 될까?
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에인즈워스와의 격투로부터 잠깐의 휴식. 미유를 구출한 이리야일행은 평행세계의 에미야 시로로부터 미유의 과거, 이 세계에서 일어난 성배전쟁을 알게 된다. 그것은 미유의 슬픈 운명이며, 미유를 위하여 오빠의 사랑이 목숨을 걸고 걸었던 장렬한 싸움의 이야기였다. 인류의 구제를 위해 미유를 희생하는 에인즈워스. 미유를 위해 세계의 적이 되기로 결정한 시로. 용납할 수 없는 두 정의에 모든 것을 지키겠다고 다짐하는 이리야. "도와줄게. 나는 모두가 살아날 수 있는 길을 찾기로 결심했으니까!" 소중한 사람들과 함께 웃을 수 있는 내일을 만들기 위해서. 마법소녀들의 싸움이 다시 시작된다...!
