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IT 회사 신드라 컴퍼니가 개발한 ‘코쿤’이라는 체험 시뮬레이션 게임 시연회에 참석한 코난. 게임이 시작되기 몇 분 전, 게임개발자인 카시무라가 ‘JTR’이라는 의문의 다잉 메시지를 남기고 살해 당한다. 메시지를 본 코난은 가상 게임 속에 살인 동기가 있을 것으로 직감하고 50명의 아이들과 함께 게임에 참여하게 된다. 하지만 인공 두뇌 ‘노아의 방주’의 서버 침입으로 게임은 통제불능의 상태에 빠지게 되고, ‘노아의 방주’는 19세기 전설적인 살인마 ‘잭 더 리퍼’를 이기지 못하면 게임에 참가한 50명의 아이들의 뇌를 전부 손상시키겠다고 협박하는데……
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란은 신이치와 트로피컬 랜드에서 함께 보냈던 즐거운 한 때를 회상하고 있던 중 코난의 전화를 받는다. 코난에게 다시 한 번 그곳에 놀러가자고 말하지만 코난은 하필 그날 작아진 탓에 그 부탁을 들어줄 수가 없어 마음이 무겁다. 친구들과 함께 시간을 보내고 있던 코난은 근처에서 발생한 형사 저격사건을 목격하게 된다. 코난이 형사에게 범인에 관해 묻지만 형사는 오른손으로 가슴을 움켜쥐고서 숨을 거두고 마는데...
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세기말 최후의 비밀 보석인 '에그'가 51번째로 일본에서 발견되자 괴도 키드가 이를 노린다는 사실이 전해진다. 에그의 주인인 스즈키 소노코는 에그를 박물관에 전시하려고 하지만 키드가 침입할 것을 두려워하여 코난 일행과 명탐정 헤이지의 도움을 받기로 한다. 코난과 헤이지는 함께 키드를 잡으려 하지만, 키드는 어느새 에그를 훔쳐 달아난다. 자신을 뒤쫓는 사람들을 따돌린 채 유유히 오사카에 도착한 키드, 그러나 그곳에는 그를 노리는 다른 사람이 있었는데...
