자윤이 사라진 뒤, 정체불명의 집단의 무차별 습격으로 마녀 프로젝트가 진행되고 있는 아크가 초토화된다. 그곳에서 홀로 살아남은 소녀는 생애 처음 세상 밖으로 발을 내딛고 우연히 만난 경희의 도움으로 농장에서 지내며 따뜻한 일상에 적응해간다. 한편, 소녀가 망실되자 행방을 쫓는 책임자 장과 마녀 프로젝트의 창시자 백총괄의 지령을 받고 제거에 나선 본사 요원 조현, 경희의 농장 소유권을 노리는 조직의 보스 용두와 상해에서 온 의문의 4인방까지 각기 다른 목적을 지닌 세력이 하나 둘 모여들기 시작하면서 소녀 안에 숨겨진 본성이 깨어나는데…
대한민국 관측 역사상 최대 규모의 백두산 폭발 발생. 갑작스러운 재난에 한반도는 순식간에 아비규환이 되고, 남과 북 모두를 집어삼킬 추가 폭발이 예측된다. 사상 초유의 재난을 막기 위해 전유경은 백두산 폭발을 연구해 온 지질학 교수 강봉래의 이론에 따른 작전을 계획하고, 전역을 앞둔 특전사 EOD 대위 조인창이 남과 북의 운명이 걸린 비밀 작전에 투입된다. 작전의 키를 쥔 북한 무력부 소속 일급 자원 리준평과 접선에 성공한 인창. 하지만 준평은 속을 알 수 없는 행동으로 인창을 곤란하게 만든다. 한편, 인창이 북한에서 펼쳐지는 작전에 투입된 사실도 모른 채 서울에 홀로 남은 최지영은 재난에 맞서 살아남기 위해 고군분투하고 그 사이, 백두산 마지막 폭발까지의 시간은 점점 가까워 가는데…
