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치명적인 바이러스 시미안 플루로 인류가 거의 멸망하고 소수만이 살아남은 시대. 유인원들은 도시를 떠나 숲에서 그들의 세상을 만들었다. 도시는 폐허가 되었고, 10년간 인간과 유인원은 서로 다른 공간에 머물며 마주치지 않고 살아왔기 때문에 유인원들은 인간이 멸종한 것이 아닐까 추정하고 있다. 그 평화가 깨진 것은 도시의 비상전력이 다 소진되면서부터. 전력 공급을 위해서는 유인원이 거주하는 숲에 있는 댐을 재가동해야 한다. 우연히 두 존재가 마주치게 되자, 유인원과 인간은 평화를 지킬 것인가 무력을 써서 주도권을 가져야 하나를 두고 내부 마찰을 겪는데...
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시카고에서 벌어진 오토봇과 디셉티콘의 전투로 인해 수많은 사상자가 발생하고 도시가 처참하게 파괴되자 정부는 일부 오토봇을 제외한 트랜스포머에 대해 체포령을 내린다. 시카고 사태, 5년 후 대부분의 디셉티콘이 처벌되고 오토봇 역시 모습을 감춘 상황, 엔지니어 케이드 예거는 우연히 폐기 직전 고물차로 변해있던 옵티머스 프라임을 깨우게 된다. 그리고 그의 생존이 알려지자 옵티머스 프라임을 노리고 있던 어둠의 세력 역시 모습을 드러내기 시작한다. 전세계를 새로운 위협에 몰아넣을 거대한 음모, 사상 최대 가장 강력한 적에 맞서 옵티머스 프라임과 오토봇 군단은 목숨을 건 대결에 나서는데...
