옵티머스 프라임은 더 이상 인간의 편이 아니다. 트랜스포머의 고향 사이버트론의 재건을 위해 지구에 있는 고대 유물을 찾아나선 옵티머스 프라임은 인류와 피할 수 없는 갈등을 빚고, 오랜 동료 범블비와도 치명적인 대결을 해야만 하는데… 영원한 영웅은 없다! 하나의 세상이 존재하기 위해선 다른 세상이 멸망해야 한다!
타락한 인간 세상에서 신의 계시를 받은 유일한 인물 노아(러셀 크로우). 그는 대홍수로부터 세상을 구할 수 있는 거대한 방주를 짓기 시작한다. 방주에 탈 수 있는 이는 생명이 있는 모든 존재의 암수 한 쌍과 노아의 가족들뿐. 하지만 세상 사람들은 노아의 방주를 조롱하기 시작하고 가족들간의 의견 대립마저 생겨나는데..
