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곤과 키르아, 크라피카, 레오리오는 배틀 올림픽을 보러 천공 격투장으로 향한다. 그런데 갑자기 괴한들이 침입해 천공 격투장을 점거한다. 그 괴한들의 정체는 수십 년 전 사라진 줄 알았던 '그림자'의 후예들. 그들이 원하는 건 모든 헌터의 죽음과 헌터 협회의 멸망이다. 그림자의 수장은 수십 년 전 네테로에게 죽임을 당했던 온(怨) 능력자 제드. 네테로 회장마저 인질로 잡힌 위급한 상황에서 곤과 키르아, 크라피카만이 그림자와 맞서 싸우게 되는데… 이제야 떠오르는 헌터협회의 어둠의 역사, 그리고 네테로의 숨겨진 과거…헌터 vs 헌터의 사투가 지금 시작된다!
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광기의 매드 사이언티스트를 자칭하는 오카베 린타로와 그의 라보멤 동료들은 우연히 과거로 보낼 수 있는 메일 “D메일”을 발명하게 된다, 그러나 과거를 몇 번이고 바꿔도 동료의 죽음을 막지 못하는 어두운 미래만이 있고 오카베 린타로는 절망하게 된다. 그런 그가 찾아낸 한줄기 빛은 누구도 죽지 않는 미래 즉 슈타인즈 게이트라고 불리는 세계선. 시간축을 뛰어넘어 얽혀있는 문제를 풀어내 드디어 슈타인즈 게이트에 도달하게 되지만 몇 개의 세계선을 넘어다닌 오카베의 뇌에 거대한 부하가 걸리기 시작하고 만다.
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평범한 고교생 사카이 유지의 일상은 어느날 돌연 소멸한다. 이계에서 건너 온 `사람의 존재를 빨간색으로 바꾸고 잡아먹는 괴물 홍세의 무리`에게 당한 유지는 망연자실한 채 있다. 그런 그를 구한 것은 빨간 머리와 눈을 가진 의문의 소녀였다. 그리고 그 소녀는 유지에게 말한다. `넌 이미 존재하지 않아`라고... 샤나라는 그 소녀는 `토치(망자)가 된 그의 안에 깃든 보구를 감시하기 위해 온자키시에 머무르게 된다. 그리고 둘은 그를 토치로 바꾼 원흉, 그 마을에 잠입한 홍세의 왕 헌터 프리아그네와 대결한다.
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레드 매니아 리나 인버스와 노출광이자 괴상한 웃음소리의 소유자 나가는 보물사냥꾼이자 도적 퇴치사로 유명한 듀오이다. 우연히 어느 마을에 도착한 리나와 나가는 레서 데몬에게 습격당한 여자아이를 구해주게 된다. 사리나라는 이름의 이 여자아이는 리나와 나가에게 마을을 구해달라고 부탁한다. 쓸데없는 일에 말려들고 싶지 않아 리나와 나가는 청을 거절하려 하지만 보물이 있다는 말에 혹해 결국 따라나서게 된다. 멍청한 바보 악당인 자인과 싸우게 되면서 이들의 모험은 시작되는데...
