우라노호시 여고의 스쿨 아이돌로서 참가하는 마지막 '러브라이브!'에서 멋지게 우승을 따낸 Aqours. 새로운 학교로 편입할 준비를 하던 1, 2학년들에게 예상 밖의 트러블이 연발한다? 게다가 졸업여행을 떠난 3학년들이 행방불명?! 멀리 떨어진 후에야 처음으로 깨달은 서로의 빈 자리. 새로운 한 걸음을 내딛기 위해, Aqours가 도달한 결론은 무엇일까?
지구연방 신정부의 유화정책에 의해 점차 평화를 되찾아가는 세계. 거기에 CB의 모습은 보이지 않았다. 목성에서 돌연 나타나 지구를 향하는 지구 외 변이성 금속체 ELS의 대군, 그리고 아직 외계 종족과의 대화의 준비를 갖추지 못한 인류. 대화에 앞서 생존을 위해, 그리고 어쩌면 가능할지도 모르는 대화를 위해 CB와 건담 마이스터들은 다시금 싸움터로 향한다.