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마도카와 사야카, 쿄코 셋이서 학교에 등교했는데, 안경을 쓴 모습의 호무라가 전학생으로 들어오게 된다. 그녀도 똑같은 마법소녀였으며, 마미와 마도카, 쿄코, 사야카, 호무라 이렇게 5명의 마법소녀 콤비가 적과 맞써 싸우는데, 반역의 이야기에서는 마녀와 싸우는 것이 아닌, '나이트메어'와 싸우는 것이다. 나이트메어와 싸우며 행복한 일상을 보내는 중 호무라는 이 세계에 대한 위화감을 갖게 되었으며, 쿄코와 같이 미타키하라의 밖의 카자미노 시에 가보자고 제안을 했고, 카자미노 행의 버스를 몇번이고 반복해서 타지만, 도착한 곳은 카자미노 시가 아닌 미타키하라 시였다. 버스가 아닌 걸어서 카자미노 시에 가는 것도 시도해 보았지만 실패로 끝났다. 호무라는 쿄코에게 이 일에 대해 모두에게 비밀로 해 주었으면 좋겠다고 부탁했으며, 쿄코는 납득하지 못하는 듯 하였으나, 끝내 부탁을 받아들였다.
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어느 폭풍우 치던 밤, 오두막에 숨어있던 염소 ‘메이’는 다리를 다친 늑대 ‘가부’를 만나게 된다. 어두운 밤인데다가 코감기 때문에 서로의 정체(?)를 알 수 없던 둘은 대화를 나누면서 돈독한 정을 나누게 되고 다음 날 다시 만날 것을 약속하며 아쉬운 작별을 한다. 그리고 다음 날, 오랜만에 잘 통하는 친구를 만났다는 기쁨에 부풀어 약속장소에 나간 ‘가부’와 ‘메이’는 서로의 정체를 알게 되고 깜짝 놀라게 되는데! 시간이 지날수록 점점 더 서로에게 마음을 열게 되는 ‘가부’와 ‘메이’. 그렇지만, 늑대의 주식인 염소를 눈앞에서 보고 있어야 하는 늑대 ‘가부’는 배고픔과 우정 사이에서 괴롭기만 하다. 비밀리에 우정을 쌓아가던 어느 날! 늑대들이 염소사냥을 나서고 ‘가부’는 ‘메이’를 지켜내지만, 결국 둘의 우정이 들통나고 만다. 늑대들의 규칙에 따라 사형을 선고 받는 ‘가부’, 같은 무리로부터 추방당할 위기에 놓인 ‘메이’. 벌을 피할 수 있는 유일한 조건은 각자 서로의 정보를 빼내는 것. 친구를 배신하지 않으면 무리에서 쫓겨나거나 목숨을 잃을 절대적 위기상황! 늑대 ‘가부’와 염소 ‘메이’는 과연 그들의 우정을 지켜낼 수 있을까?