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서력 2059년. 한때 거대한 외계인과의 전쟁에서 멸망의 문앞까지 도달했던 인류는 종의 존속을 위해 은하 곳곳으로 이주민을 보내도록했다. 25번째 초장거리 은하이민 선단 '마크로스 프론티어'. 그곳에는 신 통합군에 의해 전투선과 이체화한 이주선을 중심으로 약 1000만명의 사람들이 생활하고 있었다. 그러던 어느날, 프론티어 선단의 탑 아이돌 셰릴 놈이 콘서트를 위해 마크로스 프론티으로 승선한다. 셰릴을 동경하는 소녀 란카 리는 염원하던 셰릴의 콘서트에 가게 된다. 한편, 고등학교에서 파일럿 양성 코스를 밟고 있는 사오토메 알토 역시 이 콘서트 회장에 있었다. 그때 중기갑생명체 '바쥬라'가 선단을 공격해 도시가 불타오르기 시작한다. 알토는 셰릴과 란카를 지키기 위해 최신형 가변 전투기 VF-25에 오른다.
