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뉴욕에 출현한 거대한 디지몬이 '선택받은 아이들'을 알 수 없는 세계로 끌고 간다. 거대 디지몬의 정체를 알고 있는 듯한 소년 워레스와 함께 '서머 메모리'라는 곳으로 향하는 다이스케 일행. 디지털 월드에는 또 무슨 일이 벌어진 것일까? 갇힌 아이들은 다시 원래 세계로 돌아갈 수 있을까?
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짱구는 어느 날 오후, 강가에서 자고 있는 한 남자 옆에서 작은 구슬을 하나 줍는다. 그 구슬은 옛날 주유랑족과 주황천족이 세상을 지배할 수 있는 힘을 가진 `잭`이라는 악마를 토기 인형 안에 봉인해 둔 열쇠가 되는 구슬이었다. 잭을 부활시켜 세상을 지배하려는 핵슨과 주황턴족의 여자 우두머리의 음모로 잭을 부활시킬 구슬 두 개를 찾아 혈전이 펼쳐진다. 세상의 평화를 지키려는 주유랑족은 주황천족과 핵슨의 음모에 맞서 구슬을 지키기 위해 싸운다. 짱구가 처음 본 남자 로즈는 주유랑족 우두머리의 큰 아들이었던 것이다. 세상을 지키려는 주유랑족과 세상을 지배하려는 주황천족의 싸움에 우연찮게 말려든 짱구와 가족들은 무사히 세상의 평화를 지켜낼 수 있을 것인가!!
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첫 우주 식민지 행성 에덴에서 통합군의 차세대 전투기종을 선정하기 위한 테스트가 진행되고, YF-19와 YF-21의 테스트 파일럿으로 재회한 이사무와 가루도는 여자친구 뮨을 두고 갈등했던 과거로 다시 상처받고, 이것은 차세대 기종 테스트에 까지 이어진다. 한편 뮨이 프로듀싱하는 버추얼 아이돌 샤론 애플은 인간정신을 다시 지배하고자 마크로스 시티에서 콘서트를 연다. 후반부에 이사무와 가르도의 갈등은 해결되지만 가르도는 두 사람의 공중전에서 죽게 되고, 이사무는 샤론의 음모 속에 위기를 맞는 뮨을 구하기 위해 샤론을 저지하러 간다
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어느 날, 부리부리 왕국의 왕자 슨노케시는 이상한 자들에게 납치당한다. 신 짱과 엄마 미사에는 제비뽑기를 하다 부리부리 왕국 여행권에 당첨된다. 그러나, 비행기에서 '화이트 스네이크' 라는 조직은 신 짱을 노리고 있었으며, 무사히 탈출했으나, 기차에서 또다시 출몰, 신 짱은 잡혀 버린다. 부리부리 왕국의 보물이 있는 지하 궁전의 열쇠가 바로 슨노케시 왕자와 신 짱! 화이트 스네이크 단의 두목 '아나콘다 백작' 과 부하 '미스터 하브'와 간부 호모들은, 열쇠인 두 아이를 가지고 지하 궁전으로 보물을 차지하고 세상을 지배하기 위해 출발한다. 부리부리 왕궁에서 파견된 왕자를 찾는 조직원 루루 루 루루와 노하라 일가는, 슨노케시와 신 짱을 구출하기 위해 화이트 스네이크 단을 쫓아 지하 궁전으로 떠난다.
