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썬더코리아의 세계제패 이후 최고의 인기를 누리고 있는 축구는 피프스 섹터로부터 경기의 결과까지도 관리되는 상황에 처한다. 천둥 중학교 축구부 신입 부원 ‘천마루’와 친구들은 진정한 축구를 되찾기 위해 애쓰지만 피프스 섹터의 명령으로 의문의 섬 ‘갓 에덴’으로 끌려가게 되고, 수수께끼의 시드 팀 ‘언리미티드 샤이닝’과 시합을 벌이나 힘없이 패하고 만다. 위기에 처한 축구부 앞에 행방불명이었던 ‘강수호’와 전설의 선수들이 모습을 드러내는데… 전설의 천둥일레븐과 특훈을 시작한 천마루와 축구부는 시드와의 재시합에서 승리하고 갓 에덴의 비밀과 성제 알렉스의 음모를 밝혀낼 수 있을 것인가!?
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음악가만을 노리는 연속살인사건이 발생한다. 살해당한 사람은 모두, 고명한 전 피아니스트가 인솔한 음악 아카데미의 출신자였다. 그가 만든 음악 홀의 개장을 축하하는 첫 콘서트에 초청된 코난 일행들. 콘서트의 중심은 바하가 쳤다고 전해지는 파이프 오르간과 세계적으로 유명한 바이올린 '스트라디바리우스'의 음색, 그리고 절대음감을 가진 천재가수의 노랫소리였다. 하지만 콘서트 본방을 향해 여러가지 수상한 사건이 일어나기 시작하고... 그리고 본 공연 당일이 되어 코난 일행이 방문한 콘서트 회장이 갑자기 대폭발, 온통 화염의 바다에 휩싸이는데...
