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첫 우주 식민지 행성 에덴에서 통합군의 차세대 전투기종을 선정하기 위한 테스트가 진행되고, YF-19와 YF-21의 테스트 파일럿으로 재회한 이사무와 가루도는 여자친구 뮨을 두고 갈등했던 과거로 다시 상처받고, 이것은 차세대 기종 테스트에 까지 이어진다. 한편 뮨이 프로듀싱하는 버추얼 아이돌 샤론 애플은 인간정신을 다시 지배하고자 마크로스 시티에서 콘서트를 연다. 후반부에 이사무와 가르도의 갈등은 해결되지만 가르도는 두 사람의 공중전에서 죽게 되고, 이사무는 샤론의 음모 속에 위기를 맞는 뮨을 구하기 위해 샤론을 저지하러 간다
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막강한 실력을 갖춘 스트리티 파이터들이 연달아 실종되고, 그런 스트리트 파이터들이 세뇌를 받아 요인을 암살하는 사건이 발생하자 인터폴의 춘리는 공군 소령 가일을 도움을 받아 이 사건 수사에 착수한다. 이런 일련의 사건들 뒤에는 그 자신 또한 막강한 무력과 초능력을 가진 베가가 있었다. 베가는, 비록 은둔생활을 하고 있기는 하지만 실력으로는 세계 일류급인 류를 부하고 삼기 위해 백방으로 그의 행방을 찾아보지만 일이 쉽사리 풀리지 않자 류와 동문수학한 사이인 켄을 잡아서 강제로 세뇌를 시킨다. 게다가 춘리는 급습을 당해 입원을 하게 되고, 가일은 이런 난관을 극복하기 위해 다른 루트로 류를 수소문하고 다닌다. 결국 류와 켄은 적으로서 재회하지만 세뇌를 깨뜨린 켄과 류는 힘을 합쳐서 베가와 대적을 하는데...
