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여행 중, 포켓몬 트레이너 「린」을 만난 지우 일행은 시합으로 지친 포켓몬을 쉬게 하려고 가장 가까운 포켓몬센터가 있는 마을로 향한다. 마을의 이름은 그린필드. 마음에 평안을 주는 녹색의 리조트 지대였을 터이지만... 그린필드 거대한 집에서 혼자 살고 있는 소녀 「미이」. 어느 날 밤 행방불명 된 아버지 「쉬리」가 남긴 기묘한 문자의 카드를 나열하던 것이 계기가 되어, 수수께끼의 포켓몬 「안농」이 나타난다. 그리고 그린필드는 순식간에 결정으로 뒤덮여간다. 그 때 갑작스런 결정화에 놀라는 지우 일행 앞에 나타난 것은 전설의 포켓몬 「앤테이」. 어째선지 앤테이는 지우의 엄마를 결정탑으로 데려가버린다. 앤테이를 아빠라고 부르는 미이였지만, 과연 쉬리는 앤테이가 되어버린 것일까? 지우는 엄마를 데려올 수 있을까? 사랑과 용기와 가족의 유대를 그린 포켓몬 어드벤처!
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크라운 대은하에 존재하는 4개의 항성계(이스터, 웨스터, 사잔드, 노우즈)와 장대궤도를 지닌 스턴트 유성으로 말미암아 구성되는 조커 태양성단이 이 이야기의 주된 무대. 조커 성단에는 지극히 발달하였지만 완만하게 쇠퇴를 시작하고 있는 문명이 있다. 4개의 태양계의 몇 안 되는 행성에서 거주하고 있는 인류는 무수한 국가를 형성했으며, 이 국가들은 세력 확대를 위해 서로 싸우고 있었다. 그 국가간 분쟁의 비장의 카드는 바로 「모터헤드 (MH)」라 불리는 인간형의 거대 로봇. 그리고 과거의 초 문명의 피를 계승받아 초인적인 전투능력을 가졌고, MH를 조종할 수 있는 헤드라이너(사람들에게는 「기사」라고 불린다.)들이며, 또한 그 양자의 중매를 하는 인공생명체「파티마」. 이렇게 2가지이다. 그 조커에서 인류를 훨씬 능가하는 2개의 존재가 만나 연결된다. 한 사람은 혹성 델타·베른의 통치자이며 성단 제일의 미모와 두뇌 그리고 수많은 신기를 가지고있는 「빛의 신」"아마테라스의 미카도"(천조제). 또 한 사람은 광기의 천재과학자 Dr.발란셰가 창조한, 아마테라스와 동등의 힘을 지닌 「초생명체(더블 입실론·휴먼)」"라키시스". 이윽고 그들은 성단 전체를 전쟁의 불꽃에 휘말려들게 하는 대침공을 개시하고, 그러자 인류의 생존과 명예을 건 신과의 싸움이 시작된다.
