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1년 전쟁이 종결된지 3년, 지구연방군은 당시 큰 전과를 올린 건담의 후속 프로젝트를 진행한다. 그러나 테스트 개발 중이었던 두 기의 모빌슈트가 지온군의 잔당 조직에게 탈취되는 사고가 발생하는데...
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제2차 네오지온 항쟁으로부터 30년이 흐른 우주세기 0123년, 지온의 잔당마저 와해되면서 우주는 한동안 전란이 없는 평화로운 시대가 계속되고 있었다. 하지만 오랜동안의 평화로 인해 지구연방은 다시 나태와 부정부패로 얼룩지게 되고, 이러한 지구연방에 반기를 들고 고결한 귀족이 우주를 다스려야 한다는 코스모 귀족주의를 내건 로나 가문의 당주 마이처 로나와 신흥기업 붓흐 콘체른, 그리고 이들의 지원을 받은 사병조직 크로스 본 뱅가드가 주축이 되어 코스모 바빌로니아 제국이 세워지게 된다. 우주세기 0123년 3월, 마이처 로나의 사위이자 크로스 본 뱅가드의 사령관인 카롯조 로나의 양아들 도렐 로나 대위가 이끄는 모빌 슈트 부대가 스페이스 콜로니 프론티어 IV를 급습한다. 갑작스런 크로스 본 뱅가드의 습격에 연방의 수비부대는 속절없이 무너지고, 이곳에 살고 있던 평범한 소년 시북 아노와 그의 친구들 역시 전화에 휘말리게 된다. 차례로 파괴되는 연방의 MS들 속에 시북은 엉겁결에 연방이 개발하고 있던 신형 MS 건담 F91에 탑승하게 되는데...
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로스엔젤레스에서 온 미녀 에밀리 오하라의 의뢰로 그녕의 보디가드를 맡게된료. 놀랍게도 그 보수는 100만 달러였다. 그러나 에밀리는 CIA의 첩보요원으로 오빠의 원수인 더글라스를 살해하기 위해 금번의 타켓인 료에게 고의적으로 접근한 것이었다. 더글라스를 고용한 것은 에밀리의 상사인 딕 지부장. 딕은 이중 스파이로, 자신의 정체를 눈치챈 더글라스를 료로 하여금 없애게 하려는 것이 본래의 목적이었다. 료는 마침내 더글라스를 쓰러뜨리고 에밀리와 카오리를 구출해 내지만, 이로 인해 에밀리는 오빠의 진정한 원수가 더글라스가 아니라 딕이었음을 알게 되는데......
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크라운 대은하에 존재하는 4개의 항성계(이스터, 웨스터, 사잔드, 노우즈)와 장대궤도를 지닌 스턴트 유성으로 말미암아 구성되는 조커 태양성단이 이 이야기의 주된 무대. 조커 성단에는 지극히 발달하였지만 완만하게 쇠퇴를 시작하고 있는 문명이 있다. 4개의 태양계의 몇 안 되는 행성에서 거주하고 있는 인류는 무수한 국가를 형성했으며, 이 국가들은 세력 확대를 위해 서로 싸우고 있었다. 그 국가간 분쟁의 비장의 카드는 바로 「모터헤드 (MH)」라 불리는 인간형의 거대 로봇. 그리고 과거의 초 문명의 피를 계승받아 초인적인 전투능력을 가졌고, MH를 조종할 수 있는 헤드라이너(사람들에게는 「기사」라고 불린다.)들이며, 또한 그 양자의 중매를 하는 인공생명체「파티마」. 이렇게 2가지이다. 그 조커에서 인류를 훨씬 능가하는 2개의 존재가 만나 연결된다. 한 사람은 혹성 델타·베른의 통치자이며 성단 제일의 미모와 두뇌 그리고 수많은 신기를 가지고있는 「빛의 신」"아마테라스의 미카도"(천조제). 또 한 사람은 광기의 천재과학자 Dr.발란셰가 창조한, 아마테라스와 동등의 힘을 지닌 「초생명체(더블 입실론·휴먼)」"라키시스". 이윽고 그들은 성단 전체를 전쟁의 불꽃에 휘말려들게 하는 대침공을 개시하고, 그러자 인류의 생존과 명예을 건 신과의 싸움이 시작된다.
