Taiki Okutani

유레카가 랜턴을 만나기 위해 창조한 스카브 코랄 속 가상 세계가 붕괴하고, 가상 세계 속 인류가 지구에 모습을 드러낸 지 10년이 지났다. 가상 세계 속에서 나타난 인류 '그린어스'와 이전부터 현실에 있던 인류 '블루어스'가 각지에서 충돌을 반복하는 가운데, 혼란을 만들어 낸 원흉인 유레카는 속죄를 위하여 국제연합군 독립사단 무임소 부대 아시드의 전투 요원이 되어 세계 평화를 위해 싸우고 있었다. 그런 그녀에게, 스카브 코랄 창조 능력을 지닌 새로운 EUREKA '아이리스'를 보호하라는 명령이 떨어진다. 한편, 그린어스군 근위기병단 부대장인 듀이 노바크 대령은 동료들과 함께 궐기, 아이리스를 납치하여 대규모 테러를 일으키려 하는데...

아직 어렸던 그 날,아네모네의 아버지 켄은 어린 그녀를 남기고 전쟁에 나갔고, 그리고 돌아오지 않았다.제대로 된 이별 인사도 하지 못한 아네모네의 작은 가슴에 깊은 후회를 남기고... 7년이 지나고 아네모네는 아버지가 죽은 전장, 도쿄에 있었다. 인류의 적인 7번째 유레카 = 유레카 세븐에 맞서기 위한 조직, 아시드의 일원으로서 인류의 희망을 짊어진 아네모네는 유레카 세븐의 내부로 침입한다. 아네모네가 유레카 세븐의 안에서 만난 건 도미니크라는 청년과 유레카라는 푸른 머리카락의 소녀. 이 만남이 의미하는 것은 무엇인가? 그리고 언뜻 스쳐 지나가는 랜턴이라는 이름을 가진 소년의 모습... 아시드에 잡혀있던 수수께끼의 남자, 듀이는 예언한다. "너희가 보고 있는 유레카 세븐은 유레카 세븐이 아니다. 가짜 신이 만들고 파괴한 무수한 필요 없는 세계, 이른바 쓰레기 산이다." 아네모네와 유레카가 만났을 때, 모든 진실이 밝혀지고 새로운 세계의 문이 열린다!

지구 멸망의 위기에서 발동한 네크로시스 작전의 발안자였던 애드록 서스턴은 작전을 반대하여 구금되어 있다가 탈출, 인간형 코랄리언 유레카와 함께 인류를 구하기 위해 나선다. 작전의 오류를 스스로의 희생으로 막은 애드록 덕분에 인류는 멸망의 위기를 가까스로 넘기지만... 한편, 아버지를 잃은 랜턴은 국경도시 벨 포레스트에서 단조로운 나날을 보내고 있었다. 그러던 어느날, 랜턴 앞에 LFO라는 세계에서 가장 오래된 기체 니르밧슈가 내려오고 그 조종석에서 유레카라고 지칭하는 소녀가 모습을 드러낸다.