미국 동부에 운석이 떨어진다. 이는 뉴욕 크기의 소행성이 지구를 향해 돌진하고 있는 증거임을 미국 우주 항공국이 밝힌다. 텍사스 크기의 소행성이 시속 2만 3천 마일의 속도로 지구로 돌진한다는 사실을 알게 되자 나사(미국 항공 우주국)는 대책을 세운다. 남은 시간은 18일. 지구를 구할 유일한 방법은 돌진하는 소행성에 구멍을 뚫어 핵폭탄을 장착, 궤도를 바꾸는 것이다. 지구 최고의 유정 굴착 기술자들이 파견된다. 해리(브루스 윌리스)는 굴착 기술의 전문가로 지구를 구하기 위해 짧은 시간 동안 우주 비행에 대한 교육을 받고 그의 동료들과 소행성으로 떠난다. 프리덤호와 인디펜던스호는 소행성에 접근하지만 인디펜던스호는 유성의 파편을 맞고 추락한다. 해리 일행은 어쩔 수 없이 도착한 인원으로 폭탄 장치를 하기 위해 최선을 다하지만 무선 폭파 장치가 고장나 누군가 그곳에 남아야 하는데... 임무를 무사히 마친 후 지구로 돌아가서 해리의 딸인 그레이스(리브 타일러)와 결혼하기로 한 A.J(벤 애플렉)는 해리와 지구를 구하기 위해 자신이 소행성에 남기로 하나 결정적인 순간 해리는 딸을 위해서 자신이 소행성에 남는데...
어느날 호주 푸에르토리코의 아레시보에 위치한 거대한 전파기지에 외계로부터 발신된 메시지가 도착한다. 메시지는 두가지인데, 첫번째는 오염물질을 배출하지 않으면서 메탄을 대체 에너지로 변화시킬 수 있는 획기적인 방법에 대한 정보였고, 두 번째는 외계 생물의 DNA를 합성할 수 있는 공식이었다. 메시지가 우호적이라 판단된 미국 정부는 DNA합성에 관한 메시지를 가지고 비밀리에 실험에 착수한다. 그 결과 반인간 반외계인인 아기가 탄생하고, 실(Sil)이란 코드네임을 부여받는다. 그러나 뭔가 씰 자신이 능력을 보이지 않고 있는 낌새에다가 비정상적으로 급속한 세포 증식의 속도 등 위험 요소가 다분하다고 느낀 실험진에서는 씰(Young "Sil": 미쉘 윌리암스 분)을 완전히 제거하려 한다. 그러나 예상과 달리 소녀는 가스에 의해 죽기는 커녕 힘이 엄청나게 세져서 방탄 벽을 뚫고 달아나게 된다. 그에 따라 씰을 추적하기 위해 연방의 특수추적 전문가 프레스 팰리(Preston Lennox: 마이클 매드슨 분)와 심령술사, 분자생물학자 등으로 이루어진 팀을 구성, 실을 제거하기 위한 추적에 나선다. 성숙한 여인("Sil": 나타샤 헨스트리지 분)이 된 씰은 어느날 그녀 앞에 나타난 임신한 여자를 보고 자신도 임신하기를 원한다. 특수요원들이 자신을 추적하고 있음을 감지하면서도 씰은 남자를 찾아 다니며 마음에 안드는 사람은 모두 잔인하게 살해한다. 마침내 추적팀의 한 대원과 관계를 맺은 씰은 지하로 숨어들어 부화를 하게 되고 추적팀은 그들을 막기 위해 하수구로 들어가게 된다. 씰은 결국 기름 구덩이에 빠져 죽게 되지만 씰의 몸에서 떨어져나간 신체 일부가 추적팀이 사리진 뒤 쥐와 합성되어 새로운 쥐가 나타나게 된다.
평소 남자와 자연스레 사귈 기회가 없었던 여형사 신디(Cindy: 아데나 메시 분). 그녀는 자신의 여자로서의 매력에 항상 의문을 갖고 있는 여성. 한편, 고위층 인사만 상대하는 고급 윤락소의 트레이시(Tracy: 엘레나 올란슨 분)라는 창녀가 살해되는 사건이 발생하는데 반장은 그곳이 고위층 인사가 이용하는 곳임을 감안, 수사에 신중을 기하며 공개 수사보다 위장 잠입으로 단서를 잡으려 한다. 신디는 죽은 트레이시의 옛친구라 속이고 그곳에 창녀로 들어가는데 반장은 가짜 손님을 보내 신디가 창녀로 일하지 않도록 도와준다. 신디는 거기서 일하는 르몽(Ramone: 제프리 딘 모간 분)이라는 트레이시의 오빠를 만나 트레이시가 정사 사진으로 고위층 인사를 협박했었다는 사실을 알아 내기에 이른다. 위험한 가운데서도 수사는 진척을 보이고 있던 어느 날, 돌발 사태가 발생, 신디는 피할 수 없이 진짜 손님과 동침하게 되는데 이 일로 그녀는 자신의 내부에 내재된 새로운 자아룔 발견하게 된다. 한편, 트레이시의 살인범인 제퍼슨(Jefferson: 마크 키리 분)은 죽은 트레이시의 동료였던 창녀, 레인(Rain: 레나 리펠 분)을 협박해 자신의 첩자로 만드는데 레인이 범인을 잡는 실마리임을 알게 된 신디는 그녀에게 죽은 트레이시가 고위층 인사로 협박하던 바로 그 문제의 사진을 팔겠다는 정보를 흘린다. 그말을 전해들은 제퍼슨은 레인을 감금, 사진을 찾으려 하고 또 레인을 협박해 트레이시의 오빠인 르몽이 자신을 추적하고 있음을 알아낸 그는 르몽을 살해하고 점점 살인마의 광기를 드러내는데.
이제는 60대의 노인이 되어버린 마이클(알 파치노)은 거대해진 패밀리의 강력한 자금력을 바탕으로 합법적인 사업으로 전환하는데 힘쓴다. 이 과정에서 특히 그는 바티칸 은행의 책임을 맡고 있는 대주교와 거래하므로써 이러한 합법적인 사업을 행할 수 있었고 바티칸의 대주교 역시 마이클의 사업에 참여하여 이익을 얻고 있었다. 이러한 그의 계획에 젊은 보스 조이 자자(죠 맨테그나)가 정면으로 도전해오고, 마이클 자신도 습격을 받는다. 그러나 일단 도전을 받은 이상 응하지 않을 수가 없고, 자자의 뒤에는 그의 계획을 방해하는 거대한 조직의 음모가 도사리고 있었는데...
