한 TV 제작자가 부패한 중미의 한 감옥에 갇힌 10명의 사형수들을 '매매'하여 수백만 명이 접속 관람하는 불법 리얼리티 인터넷 게임쇼에 투입한다. 게임의 내용은 이 사형수들이 1주일동안 무인도에서 최후의 1인이 남을 때까지 사투를 펼치는 것. 자신을 제외한 나머지 9명을 모두 죽여 살아남은 게임의 최후승자에게는 무기징역형으로 감형되어 사형을 면할 수 있는 기회가 주어진다. 미국 출신의 잭 콘라드를 포함하여 영국, 멕시코, 일본, 가나, 독일, 이탈리아 등 다양한 국가 출신의 사형수들은 헬기에서 바다로 투하되어 사투의 장소가 될 무인도로 향하는데...
어린 팀은 아빠가 들려준 벽장 속 귀신 이야기 때문에 밤마다 잠을 설친다. 어느날 밤, 무서움에 떨고 있는 팀에게 아버지는 지어낸 이야기일 뿐이라며 안심하라고 한다. 하지만 그 순간, 부기맨이 눈 앞에 나타나 벽장 속으로 아버지를 잔인하게 끌고 간 뒤 사라진다. 그리고 15년 뒤. 팀은 집을 떠나 잡지사 편집장이 되어 멋진 여자친구까지 생겼지만, 여전히 두려움을 간직한 채 살아가고 있다. 가출한 아버지를 인정하고 싶지않은 상상일 뿐이라는 사람들의 이야기에 이제는 누구에게도 부기맨 이야기를 하지 않았지만, 그의 집에는 옷장, 벽장, 부엌찬장, 심지어 화장실까지 문이라고는 찾아볼 수 없다. 그러던 어느날, 팀은 어머니가 돌아가셨다는 연락을 받고, 다시는 돌아가고 싶지 않았던 유년의 집으로 향한다. 이제 과거의 섬뜩한 기억과 다시 마주하게 되는데. 눈을 감으면 공포는 과연 사라질 수 있을까?
시온이 컴퓨터 군단에게 장악될 위기에 처하면서, 네오는 자신의 능력에 대한 더 큰 통제력을 갖게 된다. 이제 몇 시간 후면 지구상에 남은 인류 최후의 보루인 시온이 인간 말살을 목적으로 프로그래밍 된 센티넬 무리에 의해 짓밟히게 될 터. 그러나 시온의 시민들은 오라클의 예언이 이루어져 전쟁이 끝날 것이라는 모피어스의 신념에 용기를 얻고, 네오에게 모든 희망과 기대를 걸어보기로 한다. 서로에 대한 사랑의 힘으로, 스스로에 대한 믿음으로 용기를 얻은 네오와 트리니티는 모피어스와 함께 인간을 억압하고 착취하는 시스템에 맞서기 위해 매트릭스로 돌아간다.
러시아 생물공학자 네코비치 박사는 비행기 내에서 이단 헌트로 변장한 앰브로즈에게 벨레로폰을 탈취당한 후 살해된다. IMF 요원 이단 헌트는 네코비치 박사가 테러리스트 앰브로즈에게 탈취당한 것이 무엇인지 알아내기 위해 파견된다. 키메라라는 것이 인플루엔자를 없애기 위한 완벽한 치료제인 벨레로폰을 유전적으로 조합하다 부수적으로 만들어진 악성 바이러스라는 사실을 알아낸 헌트는 임무를 위해 앰브로즈의 전 애인 니아 홀을 포섭한다. 헌트는 니아와 사랑에 빠지지만 키메라 바이러스를 파괴하기 위해 니아를 앰브로즈에게 보내는데...
