플로리다의 한 작은 마을인 베니언 키의 보안관, 매트는 자신의 일을 성실하게 수행해 온 덕분에 동료들은 물론 주민들의 신뢰와 존경을 받는다. 하지만 사실 그는 유부녀인 앤과 오래 전부터 내연 관계에 있다. 어느날 매트는 앤이 난치병에 걸렸다는 청천벽력과도 같은 소식을 접하게 된다. 폭력적인 남편을 견디다 못해 야반도주를 결심한 앤을 돕기 위해 매트는, 잠시만 빌렸다 다시 넣어둘 생각으로 경찰서의 공금을 유용하게 된다. 하지만 은신처에서 연락하기로 한 앤은 연락이 두절되고, 엎친 데 덮친 격으로 다음 날 앤과 그녀의 남편의 사체로 추정되는 끔찍한 살인 방화 사건이 일어난다. 사건의 모든 증거는 매트가 살인사건의 제 1 용의자로 지목되는 방향으로 흐른다. 이에 매트는 동료 경찰들이 그를 범인으로 의심하기 전, 스스로 살인사건을 해결하기 위해 초를 다투는 치열한 상황 속에서 증거 확보를 위해 동분서주한다. 한편 그의 전 아내이자 이 사건을 담당하게 된 형사 알렉스는 점점 수사망을 좁혀 가다 조금씩 매트의 수상쩍은 행동에 의심의 눈초리를 보내기 시작하는데...
미국 애리조나에 거대한 운석이 떨어진다. 국방성 소속 과학자였지만 불미한 사건으로 지금은 지방 학교의 생물학 교수로 살고 있는 아이라 케인(데이비드 두코브니)은 동료 지질학 교수 해리 블록(올랜도 존스)와 함께 이 운석을 조사하던 중 운석 속에 생물체가 급격한 속도로 진화하고 있음을 발견한다. 이 발견을 통해 재기를 노리던 아이라는 전에 함께 일했던 우드먼 장군과 새로운 정부 소속 과학자 앨리슨 리드(줄리앤 무어)와 부딪치고, 급기야 운석 조사팀에서 제외된다. 이 외계 생물체는 기하 급수적으로 늘어가고 지구의 환경에도 서서히 적응해가면서 서서히 사람들에게 공격을 가하기 시작한다.
자신의 눈앞에서 절벽아래로 떨어져 죽은 너구리를 목격한 에이스는 자책감으로 깊은 절망에 빠진다. 잔인한 기억만이 남은 세상과는 담을 쌓고 티벳의 한 수도원에서 은둔의 세월을 보내고 있는데. 득도를 눈앞에 둔 에이스 앞에 나타난 그린 월. 그는 에이스에게 거액을 제시하며 어떤 특별한 동물을 찾아줄 것을 부탁한다. 에이스는 자신의 높은 정신 세계의 완성을 위해 거절하지만 수도승들의 열화와 같은 성원(?)에 힘입어 분연히 떨쳐 일어나 세상을 구하기로 결심한다. 아프리카에 도착한 에이스는 니비아 영사를 만나 자신이 찾아야 할 동물이 와추투족으로 시집갈때 결혼 지참금으로 가져가기로 약속한 너무 중요한 동물! 만약 결혼식때 이 시카카가 없으면, 그렇지 않아도 호전적인 와추투족은 와차티족을 공격해 부족간의 피튀기는 전쟁이 불가피하다는 것이다.
독일 수상 후보인 폰 메츠(로버트 프로스키 분)가 히틀러(아이라 루이스 분)의 자살을 방조한 사실이 기록된 필름을 입수한 히틀러의 측근자인 스텍클러(잔 트리스카 분)는 그 필름으로 돈을 벌 수 있다는 생각에 필름을 가지고 미국으로 도망친다. 미국의 3류 영화업자인 커터만(돔 디루이즈 분)에게 거액의 돈을 받고 필름을 팔기로 한 것이다. 그러나 폰 메츠의 하수인인 그리머(폴 코슬로 분)가 필름을 갖고 있는 스텍클러즈의 뒤를 집요하게 쫓고 또 그 필름을 본 사람들은 모조리 죽이는 대 학살극을 벌인다. 왜냐하면 그 필름이 대중에게 발표되는 날엔 폰메츠가 나치당원이었음이 밝혀짐과 동시에 폰 메츠의 정치적인 생명도 끝나게 되기 때문이다. 처음엔 단순한 살인극인줄 알고 경찰에서 적극적으로 수사를 폈으나 정치적인 문제가 얽힌 사건임을 알고 경찰과 미연방수사국에서 사건을 더이상 확대하지 않고 조용히 무마시키려 한다. 그러나 정의감이 남다른 맥(진 핵크만 분)은 약간 정신적인 문제가 있는 엘리스(댄 에크로이드 분)와 함께 집요하게 사건을 추적하는데...
