이브(나타샤 헨스트리지 분)는 인간과 외계인의 DNA 결합으로 탄생한 씰을 복제한 혼종. 연구실로 호송되던 이브가 아이를 낳고 죽자, 새로운 종을 창조하겠다는 야심에 사로잡힌 애벗 교수가 아이를 데려다 키운다. 며칠이 지나지 않아 처녀로 성장한 사라(서니 매브리 분)는 본능이 시키는 대로 남자를 찾아 나선다. 이런 와중에 사라를 대상으로 연구에 착수한 애벗은 실력을 가진 대학생 딘(로빈 던 분)을 자신의 계획에 끌어들인다. 한편 다른 혼종들은 인간이 가진 결함 유전자 때문에 심각한 병을 앓으면서 서서히 죽어간다. 이로 인해 멸종위기에 처한 혼종들은 종족을 유지하기 위해 사라를 찾아 애벗의 연구실에 침입하는데...
벌레들의 두목을 잡은 후 전세를 역전시킨 지구 방위군은 기세를 몰아 격리된 벌레들의 구역에 대한 대대적인 공세에 들어 간다. 모든 전선에서 벌레들과의 전쟁이 치열하게 벌어지는 가운데 쉐퍼드 장군이 이끄는 이동 타격대가 벌레들의 공격을 받게 되고 장군은 자신과 일부 병력을 빼고 나머지 부대원들을 고지에서 500미터 떨어진 호텔 델타 185호 기지로 후퇴시키기로 한다. 이미 벌레들의 공격으로 페허가 된 기지에 도착한 그들은 방어를 준비 하던 중 기지 안 소각로에 갇혀 있는 댁스 대위를 발견한다. 임시 기지로 벌레들의 공격이 다시 시작되고 전멸에 위기에 처하게 되자 사하라 일병은 기지 상황을 잘 알고 있는 댁스 대위를 풀어 주고, 댁스 대위의 활약으로 벌레들을 물리치게 된다. 그러는 사이에 고지에 남아 있던 쉐퍼드 장군은 낯선 군인들과 함께 돌아온다. 벌레들의 공격에 대비해 방어 준비와 구조 요청을 준비하면서 밤을 보내는 중, 장군과 함께들어온 펙 중사와 그리프 하사, 소다 일병은 다른 부대원들에게 은밀히 접근을 하게 되고, 부대원들이 하나 둘씩 이상한 행동을 하게 된다. 그들은 이미 인간의 몸 속에 들어가 뇌를 지배하는 벌레들에게 지배를 받고 있었던 것이다. 하나 둘씩 부대원들은 감염이 되어 가고 새벽 무렵, 벌레들의 목적이 쉐퍼드 장군을 감염시켜 인류의 몰살시키려는 사실을 알게 된 댁스 대위와 사하라 일병은 감염된 부대원과 물밀 듯 쳐들어오는 벌레들과의 일전을 벌이게 된다.
어느날 밤, 록 가수인 에릭(Eric Draven : 브랜던 리 분)과 그의 약혼녀가 악당 톱(Top Dollar: 마이클 윈콧 분)의 부하들에게 살해된다. 에릭의 약혼녀가 돌봐주던 소녀 사라(Sarah : 로첼 데이비스 분)는 그날부터 부랑아 신세가 된다. 그로부터 정확히 일년 후 에릭은 자기도 알 수 없는 힘에 이끌려 무덤에서 되살아난다.
독일 수상 후보인 폰 메츠(로버트 프로스키 분)가 히틀러(아이라 루이스 분)의 자살을 방조한 사실이 기록된 필름을 입수한 히틀러의 측근자인 스텍클러(잔 트리스카 분)는 그 필름으로 돈을 벌 수 있다는 생각에 필름을 가지고 미국으로 도망친다. 미국의 3류 영화업자인 커터만(돔 디루이즈 분)에게 거액의 돈을 받고 필름을 팔기로 한 것이다. 그러나 폰 메츠의 하수인인 그리머(폴 코슬로 분)가 필름을 갖고 있는 스텍클러즈의 뒤를 집요하게 쫓고 또 그 필름을 본 사람들은 모조리 죽이는 대 학살극을 벌인다. 왜냐하면 그 필름이 대중에게 발표되는 날엔 폰메츠가 나치당원이었음이 밝혀짐과 동시에 폰 메츠의 정치적인 생명도 끝나게 되기 때문이다. 처음엔 단순한 살인극인줄 알고 경찰에서 적극적으로 수사를 폈으나 정치적인 문제가 얽힌 사건임을 알고 경찰과 미연방수사국에서 사건을 더이상 확대하지 않고 조용히 무마시키려 한다. 그러나 정의감이 남다른 맥(진 핵크만 분)은 약간 정신적인 문제가 있는 엘리스(댄 에크로이드 분)와 함께 집요하게 사건을 추적하는데...