불가리아의 사령관 보로브 대령이 무기를 빼돌린 사실을 은폐하기 위해 무기고를 폭파시킨다. 이 폭발로 제2차 세계대전의 특급 기밀 사항이었던 생화학 무기가 분출되면서 사람들이 가스에 감염, 돌연변이를 일으켜 서로가 서로를 공격하는 아비규환의 상황이 발생되며 코드 레드가 발령된다. 잃어 버린 딸을 찾아야만 하는 군의관 애나 버넷과 미국의 특수요원 존 맥개히는 모든 것이 파괴될 위기에 처한 감염 지역을 탈출하기 위해 좀비군단을 상대로 목숨을 건 사투를 시작하는데…
흥미로운 6개의 스토리가 정교하게 연결되어 서로 꼬리의 꼬리를 물듯이 구성된 퍼즐조각과 같은 이야기. 여섯 시대, 여섯 공간의 주인공들이 사실 모두 같은 사람들. ‘윤회사상’을 바탕으로 구름이 하늘을 흘러가듯 영혼도 여러시대를 흘러 각 다른 시대적, 공간적 배경 속에서 그 시대의 문명을 경험한다. 1849년 태평양 항해, 샌프란시스코로 향하는 배를 탄 애덤 어윙은 항해 중 큰 병에 걸리고, 그를 치료하던 동승객 의사에게 의지한다. 그러나 그 의사의 살해대상자가 되면서 생존을 위한 싸움과 모험을 하게된다. 1936년 벨기에, 방탕한 생활로 곤경에 처한 젊은 천재음악가 로버트 프로비셔. 그는 유명 작곡가의 비서로 지내면서 걸작 ‘클라우드 아틀라스 육중주’를 작곡하지만 유명작곡가의 음모로 저작권을 두고 협박을 받고 파멸하게 되는데...