O inspetor Zenigata é preso e a imprensa afirma que ele foi o verdadeiro mentor de todos os notórios assaltos de Lupin! Não demora muito para que o orgulho de Lupin leve a melhor sobre ele, e o rico magnata Roy Forest o manipula para aceitar um novo desafio: roubar o "Cristal do Tempo" em uma semana. O Time Crystal é um segredo do governo que se tornou público: um mecanismo de supercomputador que pode descriptografar senhas seguras mais rápido do que jamais imaginou ser possível. Mas por que Jigen está agindo tão estranhamente ultimamente? O que aconteceu com o jovem prodígio do piano que foi recentemente sequestrado? E qual é a estranha conexão entre todos eles?
Isabella, a filha da nobre família York, está matriculada em uma escola só para garotas para tornar-se uma dama digna de nobreza. No entanto, ela desistiu do seu futuro, vendo a prestigiosa escola como nada mais do que uma prisão do mundo exterior. Sua família nota sua dificuldade em suas aulas e decide contratar Violet Evergarden para lhe dar aulas pessoais.
Tatsuma Minamikawa (diretor de episódios de Aldnoah.Zero, Attack on Titan, Haganai NEXT) está dirigindo o filme na A-1 Pictures. Shoji Yonemura está retornando da série de anime de televisão para escrever os roteiros, Yuuko Yamada (diretor de animação principal para Hakkenden: Eight Dogs of the East, Persona 3 the Movie #3 Falling Down) é o designer de personagens e diretor principal de animação e Yasuharu Takanashi está retornando da série de anime TV Fairy Tail Zero para compor as músicas. A GAGA está distribuindo o filme.
A história acontece na Europa do século 19, e desenrola-se em volta de John Watson. Ele é observado pelo governo para se tornar um agente secreto, no entanto, Watson vive num mundo onde cadáveres humanos Frankensteins são reutilizados com uma alma falsa, para servirem como trabalhadores e melhorar o desenvolvimento industrial.
Japão, 2077: Uma agente chamada Vexille é enviada para Tokyo com o objectivo de investigar os japoneses e o desenvolvimento da sua tecnologia biónica, que foi banida pelas Nações Unidas devido à sua potencial ameaça para a Humanidade.
