Dois anos depois de separarem-se após resolverem seu último caso, a equipe da Mystery Inc. une-se para investigar estranhos acontecimentos em um parque mal-assombrado chamado Spook Island. A atração parece assombrar jovens visitantes de maneiras muito estranhas, mas cabe a Scooby, Salsicha e todo o grupo desvendar o mistério.
No futuro, as guerras intergalácticas são lutadas por seres meio humanos e meio robôs. Mas o veterano sargento Todd (Kurt Russell) insurge-se contra a ditadura das máquinas e decide enfrentá-las, para proteger um grupo de humanos que vive refugiado num planeta que serve como depósito de lixo de tecnologias ultrapassadas.
