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Após ter sido acusado pela tentativa de assassinato do Raikage, e ter matado dois Jounins, Naruto é mandado para o Houzukijou, uma Prisão de Segurança Máxima, mais conhecida como Blood Prison (A Prisão de Sangue). O Diretor dessa Prisão, Mui, utiliza um jutsu supremo de confinamento, selando os poderes de todos os seus prisioneiros. Começa então a batalha para provar a inocência de Naruto e expor os segredos por de trás da Blood Prison.
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Um misterioso assassino possuindo uma espada amaldiçoada assombra as ruas de Edo e Sakata Gintoki tem a missão de pará-lo. A história passa no arco Benizakura de Gintama.
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Durante a prova final para a Toudai, Keitaro dorme e acorda quando restam cinco minutos para o fim do teste; ele tenta responder o máximo possível, mas acreditando que não conseguiu passar, ele parte do Hnata-sou e acaba indo trabalhar num navio. Eis que então ele se depara com Seta-san que lhe explica que o navio está se dirigindo para a ilha tropical Pararakels, onde podem existir traços/restos da antiga civilização "Tartaruga". Keitaro decide acompanhar Seta, mas um imprevisto os separam rapidamente: a carteira de estudande dele sai voando e ele cai no mar, indo parar na ilha. Lá ele é desperto por Nyamo, uma garota que está procurando por seu avô, desaparecido há 10 anos. Keitaro resolve ajudar Nyamo nessa busca, mas mal sabe ele que todas as garotas de Hinata-sou estão chegando para busca-lo... inclusive a Narusegawa.
