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Após ter sido acusado pela tentativa de assassinato do Raikage, e ter matado dois Jounins, Naruto é mandado para o Houzukijou, uma Prisão de Segurança Máxima, mais conhecida como Blood Prison (A Prisão de Sangue). O Diretor dessa Prisão, Mui, utiliza um jutsu supremo de confinamento, selando os poderes de todos os seus prisioneiros. Começa então a batalha para provar a inocência de Naruto e expor os segredos por de trás da Blood Prison.
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E. Honda convida Ryu, Ken e Chun Li para lhes mostrar seus novos golpes especiais, quando eles são transportados para o passado, mais especificamente para a cidade de 'Fujiwara' , uma antiga cidade que já foi capital do Império Japonês. Ken vai ao encontro de Ryu, que estava perdido próximo aquele templo, e começa a lhe contar como funciona a cidade japonesa naquela época e sobre viagens no tempo até encontrarem Chun Li e E. Honda novamente.
