Muito tempo atrás, num tempo em que o Céu e a Terra eram um, o mundo era cheio de beleza e os anjos cantavam para as estrelas. Contudo a única fonte de medo eram esses anjos que caçavam humanos. Os humanos hastearam a bandeira da rebelião e resistiram iniciando a longa guerra. Em meio à guerra, Apollonius, um anjo assassino, conhece uma garota chamada Celiane e se apaixona por ela à primeira vista. Descartando suas asas, Apollonius junta-se à Celiane e aos humanos e ajuda-os a criar guerreiros-mech, que deram à humanidade uma chance de vencer a guerra. Furioso pela perda de seu "amor", o anjo Touma seduz e corrompe um humano como vingança. Agora, doze mil anos depois, a batalha ainda perdura. Lendas contam sobre a traição que matou Apollonius, mas elas também contam sobre como ele retornaria para encerrar a batalha começada tanto tempo atrás.
A história começa quando um novo DigiTama é encontrado na internet, e consegue penetrar em quase todos os sistemas de computador no Japão. Quando o ovo choca, é identificado como uma nova espécie de Digimon, um tipo de vírus. Sustenta-se pela ingestão de dados de diversos sistemas, e conforme consome mais e mais dados, ele continua a evoluir. Nesse momento, Taichi e Koushiro decidem que é hora de dar um jeito na situação.
