(voice)
Contada em três segmentos interligados, entre o início dos anos 1990 e 2007, um jovem chamado Takaki Tono e sua melhor amiga Akari Shinohara moram em Tóquio. Devido à mudanças no trabalho de seu pai, Akari acaba se transferindo de cidade com sua família, mas os dois lutam para manter um contato através de cartas. Seus desencontros são constantes e os dois acabam se afastando com o tempo, deixando apenas as memórias de momentos juntos. Novas pessoas surgem em suas vidas, mas Takaki não esquece de Akari, que mesmo com o tempo passado, tem a esperança de encontrá-la novamente.
Harumi
Dois anos se passaram desde a Guerra. Akito e Yurika desapareceram. Os Jovianos e os Terráqueos se juntaram e Ruri-chan é a nova capitã da Nadesico B. À medida que a popularidade do salto bóson cresceu, uma vasta rede de transporte foi criada. Juntamente com o Plano Hisago, essa rede de portais Chulip detém as respostas para os mistérios por trás das partículas bóson e seu poder. Se esses segredos caírem nas mãos erradas, grandes problemas surgirão. Um grupo de Sucessores Marcianos começou uma ofensiva, deixando as Forças Unificadas confusas e desesperadas. Portanto, a antiga tripulação da Nadesico é reunida em uma missão não-oficial para salvar a todos. Quem vencerá a corrida pela tecnologia bóson? O que aconteceu com Akito e Yurika?
