Como os dois primeiros filmes da Guerra Filme, Filme Guerra Ultimatum é dividido em três partes. A primeira parte é o lugar do Kamen Rider Fourze cinco anos após os acontecimentos da série. Gentaro é agora um professor na Amanogawa alta, bem como novo orientador acadêmico no Espaço Kamen Rider Club, Yuki se tornar um astronauta, Kengo trabalhar como um cientista da Universidade de Kyoto, como seu pai, Miu se tornar um modelo, Shun se tornar um jogador profissional de futebol, JK trabalhando para uma revista, Tomoko como romancista, e Ryusei se tornar um agente da Interpol com Inga Blink. No entanto, um grupo de crianças psíquicas conhecido como o Monstro Alliance liderado por um estudante chamado Sanro Fuda, que se torna um mutante conhecido como Sanagiman, apoiado por um misterioso homem chamado Kagehito Banba,ameaçam a escola.
Madoka Kaname e sua melhor amiga Sayaka Miki são estudantes comuns do ensino médio na cidade de Mitakihara. Mas um dia, eles encontram uma estranha criatura semelhante a um gato chamada Kyuubey, que afirma poder conceder-lhes um desejo. Em troca, eles se tornariam garotas mágicas e lutariam contra o mal perpetrado por bruxas. Uma menina mágica veterana na área, Mami Tomoe, decide mostrar-lhes como caçar bruxas, enquanto a misteriosa estudante de transferência Homura Akemi os adverte para não aceitar o acordo de Kyuubey, embora ela se recuse a dizer o porquê. No entanto, depois de testemunhar a brutal realidade de combater as bruxas, as meninas decidem que pode ser mais seguro recusar a oferta de Kyuubey. Mas quando outra garota mágica chega à cidade e Sayaka decide fazer um desejo de ajudar a pessoa que ela ama, as coisas aumentam rapidamente à medida que são confrontadas com a dura verdade por trás de seus poderes e o preço final de seus desejos.
Ayato Kamina foi separado da garota que amava. Três anos depois sua cidade é subitamente atacada, e Ayato conhece Haruka Shitow uma Agente da TERRA, que conta a ele a verdade sobre o mundo. Esse é o começo de uma série de eventos estranhos, que vão desde da ativação de um mecha gigantesco conhecido como Rahxephon, e dimensões alternativas até a constatação de que o próprio Ayato pode não ser humano.
