Bagdá, 2003. Roy Miller (Matt Damon) lidera uma equipe, a serviço da inteligência do exército, em busca de armas de destruição em massa no Iraque. Depois de algumas tentativas frustradas, o militar se vê diante de um cenário caótico entre seus compatriotas, o que o deixa dividido entre aplacar o anseio do governo de encontrar algo que justificasse a invasão ou descobrir a verdade dos fatos.
Chegou o fim da linha para Jason Bourne. Agora, ele está decidido que nada o deterá: nem as promessas vazias de seu chefe nem as mortes dos que perseguem incansavelmente. Com nada mais a perder, ele usará toda habilidade que lhe foi ensinada para ir atrás de seus criadores e acabar com tudo. Sua busca o levará de Moscou a Paris, Madri, Londres e Tanger, no Marrocos, enganando agentes federais e polícias locais numa busca desesperada para encontrar respostas às perguntas que o assombram. Acima de tudo, essa jornada de Bourne o levará ao lugar onde tudo começou e onde deve terminar: as ruas da cidade de Nova York.
