As Tartarugas Ninja estão procurando um novo lugar para morar nos esgotos de Nova York, quando encontram integrantes do clã Foot, liderado por Destruidor. É quando eles descobrem o Ooze, a substância que transformou as próprias Tartarugas Ninja. O Destruidor usa este material para criar dois novos capangas, Tokka e Rahzar, e os envia para provocar destruições na cidade. Com a ajuda da jornalista April O'Neill, do professor Jordan Perry e do entregador de pizza Keno, as Tartarugas Ninja precisam detê-los.
Fifteen-year-old Chris Mills isn't too happy with his divorcing parents. In fact, he doesn't want them to split at all, so he hires car repair shop owner -- and former attorney -- Archie Corelli to run interference for him and put a stop to the proceedings. It's a match made in heaven because Chris and Archie both have a deep desire to see the right thing done.