A história começa quando o Pokémon Ranger Jackie é mandado para encontrar informações sobre Manaphy. Ele consegue pegar o "ovo" de volta, que está Manaphy (não era para ser um Phione?). Ash e cia chegam em uma cidade, e sem saber, se encontram com Jackie. May desconfia que tem algo estranho naquela "casa", e assim, descobre Manaphy. May fica sendo uma mãe para Manaphy, mas será que ela seguirá a sua jornada com seu novo companheiro? Lembre Phione não evolui para Manaphy Phione é um Resultado de um Cruzamento (Breeding). May liga-se a Manaphy no filme, agindo como "mãe" do pequeno pokemon.
Esse especial foi criado em comemoração aos 10 anos do anime Pokémon. Ele se passa durante a saga Batalha da Fronteira, quando Ash, May, Max, Brock, Misty e Prof° Carvalho recebem o convite do Prof° Yung para presenciar sua mais nova invenção, até que o Mestre da Miragem aparece e causa o caos.
A história do filme começa muitos anos antes, quando uma terrível guerra entre humanos e Pokémon que estava ocorrendo e Aaron, um valente guerreiro, junto ao seu Lucario resolvem dar um fim nisso tudo e trazer a paz novamente ao mundo. Aaron acredita que indo até a Árvore da Origem e usando seu poder, tudo poderá ter fim, mas o caminho até a tal árvore é complicado e perigoso. Pensando nisso, Aaron decide selar Lucario em seu cetro, mesmo que o Pokémon não concordasse com isso. Logo em seguida, ele sobe em seu Pidgeot ruma à Árvore da Origem e coloca um fim na guerra. De volta ao presente, o povoado do qual Aaron e Lucario vivam estão comemorando um festival em homenagem aos dois heróis. Como parte do festival, existe um torneio de batalhas Pokémon onde o campeão será o representante de Aaron durante o festival.
Um meteorito misterioso é arremessado em direçãoà terra. Durante a sua entrada na atmosfera, quase fere Rayquaza, um guardião do céu e os mais fortes do dragão no mundo. O meteorito cai em uma zona polar, revelando dois objetos em formade ovo. O ovo roxo regenera em um Deoxys e pega o ovo verde. Rayquaza desce da camada de ozônio para combater o invasor. Uma batalha acontece, destruindoum site de pesquisa nas proximidades e traumatizando Tory, filho do Profº Lund. Deoxys perde a luta para Rayquaza. Deoxys remonta a forma de ovoe cai no mar, enquanto alguns pesquisadores levam o ovo verdecom eles. Sob o mar, o Deoxys ferido, regenera e espera.
Ash e seus amigos continuam viajando por Hoenn quando decidem fazer uma pausa em um festival comemorativoa uma famosa estrela milenar. No festival eles conhecem o mago \"Grande Mordomo\" e sua assistente Daiane,que presenteiam Max com uma espécie de cristal roxo, onde dentro dele está o lendário Pokémon Jirachi, capaz de atender desejos.
The team-up of Denji Sentai Megaranger and Gekisou Sentai Carranger. This V-Cinema special takes place between episodes 39 and 40 of Denji Sentai Megaranger.
