Takurou Nakakuni

O Ministro da Defesa, que deverá participar numa reunião, ordenou uma inspeção no local. A área deve ser protegida e limpa de uma ameaça terrorista.

Motoko e a sua equipa finalmente aproximam-se do hacker Fire Starter, mas a situação torna-se tensa quando são instruídos a assumir um papel secundário numa operação secreta. Motoko e a equipa apanharam o homem deles... Ou não?

Ambientado após os eventos de Arise, o filme envolve o assassinato do Primeiro-Ministro do Japão que é publicamente descrito como o "maior evento desde a guerra". Cabe a Secção de Segurança Pública 9, liderada pelo Major Motoko Kusanagi, descobrir a verdadeira natureza do assassinato. Eles são auxiliados pelo filho do Primeiro-Ministro, Osamu Fujimoto.

Durante o inverno de 2028, um dos maiores terroristas do mundo, conhecido pelo nome de Fire Starter, lançou uma forte infecção no ciber-cérebro, gerando um grande ambiente de tensão em New Port City. Para rastreá-lo e interromper as ofensivas, a Major Motoko Kusanagi une seu time de fantasma e ordena força máxima.

Após a terrível Quarta Guerra Mundial, os habitantes de New Port City ainda sofrem bastante com as consequências dos bombardeios, e a cidade tenta aos poucos se recuperar. Mas a situação voltar a ficar complicada quando um homem, usuário uma perna mecânica produzida pela Mermaid's Leg, é morto misteriosamente. Agora, Motoko e Batou terão que trabalhar duro para desvendar o crime.

Logo depois de Motoko ganhar sua liberdade ao separar-se da 51ª Unidade Secreta do exército, mesmo sem a sugestão de Aramaki de ter sua uma unidade própria, Motoko começa a reunir membros para sua própria unidade. No decorrer da história, alguém hackeia o Logicoma. Enquanto ela carrega as máquinas para verificá-las em busca de anormalidades, ela é atacada por uma unidade armada. Não muito depois disso, ela se encontra com Batou, o homem com o “olho que nunca dorme”, Ishikawa, um ex-membro do exército o qual é especializado em obter informações através da internet e Borma, uma especialista em guerra eletrônica.

A história do anime se passa em 2027, um ano após o final da quarta guerra não-nuclear. New Port City ainda está se recuperando do pós-guerra, quando ela sofre um atentado provocado por uma mina automotor. Em seguida, um membro de uma unidade militar é morto a tiros. Durante a investigação, a Segurança Pública da Seção Daisuke Aramaki encontra Motoko Kusanagi, a cyborg hacker atribuída a unidade secreta 501 dos militares. Batou, um homem com o "olho que não dorme", suspeita que Kusanagi é a pessoa por trás do atentado. O Polícial detetive Togusa de Niihama está perseguindo seus próprios casos duais da morte a tiros e assassinato de uma prostituta. Motoko está sendo vigiada por Kurutsu, cabeça da unidade secreta do 501 e os agentes ciborgues.