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As meninas da Academia Achiga de Nara derrotaram a Escola de Ensino Médio Bansei durante o regional de mahjong. A escola avançou para as semifinais nacional, mas infelizmente perdeu a final do campeonato e o clube foi dissolvido. Depois de seis anos, a estudante da escola elementar Shizune Takakamo fará amizade com a recém-chegada Nodoka Haramura. As duas garotas entrarão na Achiga, mas Nodoka mudará de escola durante o segundo ano. Desde então, tem se passado um ano, e um dia Shizuno vê na televisão Nodoka vencer o campeonato nacional de mahjong para as escolas individuais. Foi aí que Shizune decidiu reviver o clube de mahjong da Academia Achiga.
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Pouco antes da conclusão do elevador espacial "Endymion" da Cidade Acadêmica. Kamijou Touma e Index encontram uma garota nível 0 chamada Arisa. Os magos estão atrás de Arisa, e atacam a Cidade Acadêmica. A líder chamada Shattouaura lidera uma unidade da Cidade Acadêmica para contra-atacar, Kamijou e Index descobrem de Stiyl que Arisa é a chave para infusão de uma guerra entre os lados da magia e da ciência. Quando a ciência cruza seus caminhos com a magia, a história começa com Endymion como palco!
