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As férias de verão estão chegando ao fim. Suguru ganha uma viagem gratuita para Okinawa, e todos os cinco alunos da escola secundária Asahigaoka estão animados para terminar suas férias se divertindo. Junto com Hikage, Konomi sua professora e a dona da loja de doces, todos vão para Okinawa ter uma divertida viagem de três dias. Chegando lá, Natsumi faz amizade com Aoi, a garota que ajuda no hotel que elas ficam.
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Caso de atentado a bomba na TV Nichiuri no outono. A Satsuki Cup, que coroa o vencedor do Hyakunin Isshu do Japão, está sendo filmada dentro das instalações. O incidente resultou em uma grande comoção e, enquanto o prédio está queimando até as cinzas, as únicas pessoas que ficaram dentro são Hattori e Toyama Kazuha. Eles são resgatados na hora certa por Conan, que corre para o local. A identidade e os objetivos do homem-bomba são desconhecidos.
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Após ter sido acusado pela tentativa de assassinato do Raikage, e ter matado dois Jounins, Naruto é mandado para o Houzukijou, uma Prisão de Segurança Máxima, mais conhecida como Blood Prison (A Prisão de Sangue). O Diretor dessa Prisão, Mui, utiliza um jutsu supremo de confinamento, selando os poderes de todos os seus prisioneiros. Começa então a batalha para provar a inocência de Naruto e expor os segredos por de trás da Blood Prison.
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Entre os cinco grandes países de shinobi, os países da Água, Terra, Trovão e Vento estão perdendo seus Kekkei Genkai, um atrás do outro. O único que não foi afetado foi o País de Fogo, os outros começam a suspeitar que isto não é nenhuma coincidência. Embora a tensão da situação pode levar a uma nova Guerra Shinobi, Kakashi desaparece da aldeia, qual será o motivo...!? Entretanto os 11 de konoha vão por vontade própria em busca de Kakashi acabando por enfrentar o bando de shinobis desconhecidos... como correrá?
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Um príncipe do País da lua está viajando o mundo e precisa ser escoltado de volta pra sua ilha natal por Naruto, Kakashi, Sakura e Lee. O país da Lua parece ser realmente bem rico pois seu Príncipe tende a comprar tudo o que seu coração deseja, durante suas viagens o Príncipe precisa atravessar um grupo de circo que tem como atrativo um raro tigre dentes de sabre que ele simplesmente tem que ter!!! Então ele simplesmente compra o circo todo! E de repente uma missão para proteger um príncipe arruinado que não escuta nada do que dizem vira uma missão para cuidar de animais e um príncipe que não escuta nada do que dizem, e no final dar um jeito de voltar em segurança para sua terra natal. Ainda por cima surgem três misteriosos ninjas usando jutsus ameaçadores que estavam apenas a espera deles para recepciona-los…
