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Ovo (Isaac Hempstead-Wright) é um garoto órfão, que desde bebê foi criado nos esgotos da cidade de Ponte Queijo pelos boxtrolls, amáveis criaturas que vivem do lixo deixado por humanos. Como os boxtrolls são caçados impiedosamente por Archibald Snatcher (Ben Kingsley) e sua gangue, eles apenas deixam o subterrâneo à noite e, ainda assim, de vez em quando um deles é capturado. Quando Peixe, o boxtrolls que criou Eggs, é pego, o garoto decide se aventurar pela cidade para resgatá-lo. É quando conhece Winnie (Elle Fanning), uma garota mimada que faz com que perceba que ele é, na verdade, um humano.
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James (Paul Terry) e seus pais sempre sonharam em ir para Nova York, a cidade "onde os sonhos se realizam". Mas depois que um incidente deixa o menino orfão, James vai morar com suas tias crueis, que o maltratam. Até o dia em que um homem misterioso lhe entrega um pacote com uma estranha receita. De repente, ele descobre que, nas redondezas, nasceu um pêssego do tamanho de uma casa. Lá dentro, ele se torna amigo de insetos que moram na fruta e vive uma mágica aventura.
