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Um grupo de cinco Genesect invadiram a cidade grande e representam uma ameaça para o fornecimento de energia elétrica, o que atrai a atenção do lendário Pokémon Mewtwo. Ash, Pikachu e seus amigos devem vir para o resgate quando o poderoso líder, um Genesect vermelho, enfrenta Mewtwo.