Motofumi Fujiwara

Um grupo de cinco Genesect invadiram a cidade grande e representam uma ameaça para o fornecimento de energia elétrica, o que atrai a atenção do lendário Pokémon Mewtwo. Ash, Pikachu e seus amigos devem vir para o resgate quando o poderoso líder, um Genesect vermelho, enfrenta Mewtwo.

Ash e seus amigos visitam a cidade de Crown para assistir a Pokémon Backer World Cup. Durante sua viagem, eles encontram um Pokémon chamado Zorua, que procura pelo seu companheiro. Eles decidem ajudá-lo, mas um Pokémon chamado Zoroark - O Governante da Ilusão - está a transformar-se em Raikou, Entei e Suicune e a destruir a cidade de Crown. Além disso, Celebi retorna após 20 anos e fica em sarilhos. O que está a acontecer na cidade de Crown? O que poderia ser o "Governante da Ilusão", Zoroark? E Celebi? Ash e Cia conseguirão salvar a cidade e o Pokémon?"

A batalha de tempo e espaço, de mundos distorcidos e dimensões alternativas segue firme, e Ash e seus amigos se encontram novamente no meio de mais uma batalha! A Cidade de Michina está no coração da batalha e possui um passado longo marcado por Arceus. Após Arceus conceder um pouco do seu poder aos cidadãos da cidade com a Joia da Vida, eles traem o Pokémon Mítico! Ao lado de sua nova amiga, Sheena, Ash e seus amigos devem usar o poder de Dialga para viajar no tempo e tentar corrigir os erros dos seus antepassados antes que o mundo seja destruído com a fúria de Arceus. Será que os antepassados de Sheena realmente traíram Arceus? Serão os nossos heróis capazes de corrigir os erros do passado?

Um meteorito misterioso é arremessado em direçãoà terra. Durante a sua entrada na atmosfera, quase fere Rayquaza, um guardião do céu e os mais fortes do dragão no mundo. O meteorito cai em uma zona polar, revelando dois objetos em formade ovo. O ovo roxo regenera em um Deoxys e pega o ovo verde. Rayquaza desce da camada de ozônio para combater o invasor. Uma batalha acontece, destruindoum site de pesquisa nas proximidades e traumatizando Tory, filho do Profº Lund. Deoxys perde a luta para Rayquaza. Deoxys remonta a forma de ovoe cai no mar, enquanto alguns pesquisadores levam o ovo verdecom eles. Sob o mar, o Deoxys ferido, regenera e espera.

Nessa sequencia do primeiro filme, Ash, Misty e Brock continuam explorando a região de Johto, onde precisam resgatar Pikachu depois de Jessie e James tê-lo sequestrado. A busca os leva a um plâto escontido onde Mewtwo tem um lugar secreto para os Pokémon Clones do filme anterior. O vilão Giovanni, líder da Equipe Rocket, está planejando recuperar Mewtwo e continuar seus esforços para criar um exercito de Pókémons bio-projetados. Ajudado por um Meowth relutante, Pikachu, Ash e seus amigos, Mewtwo vai lutar até o final para proteger seu santuário das garras de Giovanni e seus cúmplices.