Atsuko Nishida

Um grupo de cinco Genesect invadiram a cidade grande e representam uma ameaça para o fornecimento de energia elétrica, o que atrai a atenção do lendário Pokémon Mewtwo. Ash, Pikachu e seus amigos devem vir para o resgate quando o poderoso líder, um Genesect vermelho, enfrenta Mewtwo.

Ash e seus amigos visitam a cidade de Crown para assistir a Pokémon Backer World Cup. Durante sua viagem, eles encontram um Pokémon chamado Zorua, que procura pelo seu companheiro. Eles decidem ajudá-lo, mas um Pokémon chamado Zoroark - O Governante da Ilusão - está a transformar-se em Raikou, Entei e Suicune e a destruir a cidade de Crown. Além disso, Celebi retorna após 20 anos e fica em sarilhos. O que está a acontecer na cidade de Crown? O que poderia ser o "Governante da Ilusão", Zoroark? E Celebi? Ash e Cia conseguirão salvar a cidade e o Pokémon?"

Um meteorito misterioso é arremessado em direçãoà terra. Durante a sua entrada na atmosfera, quase fere Rayquaza, um guardião do céu e os mais fortes do dragão no mundo. O meteorito cai em uma zona polar, revelando dois objetos em formade ovo. O ovo roxo regenera em um Deoxys e pega o ovo verde. Rayquaza desce da camada de ozônio para combater o invasor. Uma batalha acontece, destruindoum site de pesquisa nas proximidades e traumatizando Tory, filho do Profº Lund. Deoxys perde a luta para Rayquaza. Deoxys remonta a forma de ovoe cai no mar, enquanto alguns pesquisadores levam o ovo verdecom eles. Sob o mar, o Deoxys ferido, regenera e espera.

Nessa sequencia do primeiro filme, Ash, Misty e Brock continuam explorando a região de Johto, onde precisam resgatar Pikachu depois de Jessie e James tê-lo sequestrado. A busca os leva a um plâto escontido onde Mewtwo tem um lugar secreto para os Pokémon Clones do filme anterior. O vilão Giovanni, líder da Equipe Rocket, está planejando recuperar Mewtwo e continuar seus esforços para criar um exercito de Pókémons bio-projetados. Ajudado por um Meowth relutante, Pikachu, Ash e seus amigos, Mewtwo vai lutar até o final para proteger seu santuário das garras de Giovanni e seus cúmplices.

Ash e seus amigos chegam num parque somente para Pokémons. Eles soltam todos os seus pokémons, depois de Ash pedir para Pikachu tomar conta de Togepi, eles entram para um dia de brincadeiras e relaxamento.