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Afetados por uma substância radioativa, um grupo de tartarugas cresce anormalmente, ganha força e conhecimento. Vivendo nos esgotos de Manhattan, quatro jovens tartarugas, treinadas na arte de kung-fu, Leonardo, Rafael, Michelangelo e Donatello, junto com seu sensei, Mestre Splinter, tem que enfrentar o mal que habita cidade.
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Após a desastrosa tempestade de comida no primeiro filme, Flint (Bill Hader) e seus amigos são obrigados a deixar a cidade de Boca Grande. Sem saída, ele aceita o convite de seu ídolo, Chester V (Will Forte), e junta-se à The Live Corp Company, que reúne os melhores inventores do mundo. Porém, quando descobre que sua máquina ainda funciona e agora cria perigosas comidas animalescas mutantes, Flint decide retornar e tentar salvar o mundo.